水分填满了土壤间隙 , 土中空气被水代替,这时外部空气也不能进入,因而造成土壤缺氧,根的呼吸作用受到阻碍,生理功能降低 , 根系吸水、吸肥能力受阻 。同时由于土壤缺乏氧气,土中具有分解有机物功能的好气性细菌大量繁殖和活动 , 增加了土壤酸度 。由于丁酸菌等大肆活动,产生了硫化氢、氨等一系列有毒物质,直接毒害根系 。由于缺氧植株大量地消耗了体内可溶性糖而过多地积累了酒精等物,导光合作用大大降低,最后因饥饿而死 。
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