在后金大兵压城之时，在袁崇焕在城外奋力杀退后金精兵之时，崇祯将袁崇焕叫进宫，在宫中将其逮捕下狱，并放出话，说袁崇焕通敌谋反被捕，余者不问 。祖大寿惊怒之下，带兵回锦州，路上碰到援锦的主力，听说抓了袁督师，也都愤而返 。
此时，北京城四周勤王军也不在少数，可是，全都不敢进城，又没有总指挥，反而被后金大破数阵，损伤数万，崇祯大惊，他派人到监狱，让袁崇焕写信，召回祖大寿 。祖大寿接到袁崇焕的信并不愿回来勤王，但是在其母亲的劝说下起兵回到北京将后金兵赶走 。
这让崇祯很害怕很愤怒，辽东兵成了你袁崇焕私人的兵了吗，你的部下连皇帝的指定都不听了，是你授意的吗，不然他们哪有那个胆子，你想拥兵自重吗，这还了得 。你平时人在宁远，我叫不动你，现在你已经身陷囹圄，还敢和我较劲，那我还能放你出来吗，如果放你出来，那还不放虎归山 。
八、阉党与东林党人斗争的牺牲品
明朝后期，阉党与东林党人的斗争可谓相当激烈 。以魏忠贤为代表的阉党把持朝政的时候对东林党人进行过很多迫害，后来崇祯登基，将阉党清扫一空，包括魏忠贤，魏忠贤后来死在流放的路上，这次斗争是东林党人取得重大胜利，因为魏忠贤的案子就是东林党人钱龙锡审理的，阉党对钱龙锡恨之入骨 。但是很快阉党死灰复燃，重新得势，又开始反攻东林党人，这一次袁崇焕下狱，阉党抓住这个机会，当然不会放过 。虽然袁崇焕不是东林党人，但他与钱龙锡关系很好，打压袁崇焕也是打压东林党人的势力 。由于阉党的攻讦，崇祯认为袁崇焕与钱龙锡结党营私，迫害政敌，特别是杀害毛文龙，对袁崇焕的意见就更大了 。在阉党的努力下，也在崇祯对袁崇焕日积月累的意见、疑心、猜忌、愤怒、惊吓之下，阉党判了袁崇焕“灭三族”，后来有人说情，才“减刑”为“千刀万剐” 。
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