海战系统进行海战时，画面右侧会显示船只的类型、水手数量以及耐久度等数值 。一艘战船具有水手数槽(绿色)和耐久力槽(黄色)，将敌方旗舰的耐久力或水手数变为0时战斗即可获胜 。
水手数会因白刃战等减少，水手数为0时将被拿捕 。船的耐久力会因为遭受炮击则耐久力减少 。耐久力为0时将会沉没 。
战斗中，炮击会自动进行，距离越近威力越强 。玩家要做的就是操作船只移动并调整方向，战斗中尽量以船的侧面朝向敌人，以便火炮射击 。
船只在与敌船接舷时，会进入白刃战模式 。白刃战中胜利数越多，敌方水手数量越少 。
双方旗舰接舷时则会进入单挑模式，单挑为自动进行 。角色的剑术值越高单挑越有利 。当敌方的生命值为0时，我方获胜 。己方生命归0时则战斗失败，身体状态变为濒死 。通过住宿旅馆或是将伤员配备到单人房后可以恢复状态 。
船首像介绍小猪像：
获得：收到克莉丝汀娜以后回伦敦港
效果：装备舰队粮食消耗减少% 。
大鹫像：
获得：卡利亥特港城门
效果：手动航行时增加船速，自动航行则是增加游戏运行速度，相当于开启变速齿轮 。
虎鲸像：
获得：带着詹姆去大阪的宿屋
效果：航海时，减少暴风雨出现的几率 。
白鲸像：
获得： 在海上遇到白鲸事件
效果：装备白鲸像的舰船最大耐久度加10 。
海豚像：
获得：S06 E115
效果：装备海豚像的舰队了望范围增加 。
龙像：
获得：N07 E117/N08 E117
效果：装备龙像的舰船炮击威力提高 。
处女像：
获得：N10 W61/N26 W77
效果：抑制水手的疲劳度 。
王者像：
获得：旧主角：带着弗利奥进入斯德哥尔摩遗迹(须持有北海霸者之证)/新主角：带着阿尔进入奥斯陆码头
效果：海战肉搏时，装备船的水手士气上升，死亡几率下降 。敌方水手的死亡几率上升 。
魔鬼像：
获得：带着费南德去雅加达遗迹
效果：海战时船只最小耐久度为1，水手最小值为1，海战不沉 。不过会降低手动航行时的船速 。
提督像：
获得：旧主角：北海势力值达到3251以上，进入发展度3000以上的北海酒馆喝一杯酒 。
新主角：进入东南亚港口的交易所会触发 。并同时满足一下条件，佐伯，曾在印度洋、东亚委任过地方舰队 。伍丁，无要求 。蒂雅，曾 在地中海、非洲委任过地方舰队
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