杜牙根的术后疼痛或诊间急症一旦发生，首先要仔细检查，确定原因后再进行针对性处理 。轻微肿痛者可适当给予止痛药，推荐给予NSAIDs（如布洛芬等），并观察1~3天 。如果有咬合高点，一定要及时消除，可考虑适当降低咬合，减少患牙所受的咬合应力，有利于根尖愈合 。当出现前庭沟处肿胀、脓肿形成或出现全身症状甚至有可能发展成蜂窝织炎时，需进行局部切开引流，并全身给予抗生素和消炎镇痛药以控制感染 。
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值得注意的是，抗生素在局部感染病灶，由于血供不足，仅靠组织渗透难以达到有效的血药浓度，因此抗生素对髓腔内病灶的感染控制效果有限 。大量研究也表明，抗生素的使用对于杜牙根术后疼痛症状的预防与控制而言与安慰剂相比并无显著差别 。因此，抗生素仅可在伴有组织肿胀、存在间隙感染的可能时，或有全身症状的情况下才可谨慎使用 。
为了缓解急性根尖周炎的疼痛症状，对于采用根管开放髓室敞开的治疗方法，目前存在争议 。根尖周炎的主要原因是细菌感染，一般认为根管经过彻底的机械与化学预备后，在根管内封入刺激性小的消毒药物，以暂封材料严密封闭窝洞防止唾液渗漏到根管系统，足以获得有效的感染控制 。而由于口腔是个有菌的环境，通过根管敞开减压以缓减症状的治疗方法，往往会由于细菌渗入根管系统而引起新的细菌感染，甚至会引起根尖外感染的扩散从而导致治疗延迟或迁延不愈 。
对于术后疼痛症状严重者或诊间急症患者，经术后观察症状未见有效缓解时，也应考虑去除封药和根管充填物，采用机械和化学措施清除根管内的感染物质，大量冲洗解除根尖区的渗出压力后重新封药消毒根管，多数病例在配合非甾体类抗炎药物的作用下可逐步缓解症状，待症状解除后重行根管充填 。对于经再治疗后根尖病变迁延反复不愈合的病例，必要时可以考虑采取根尖显微外科手术治疗以探查与清除根尖外感染病灶 。
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