旅程正式开始，向上到达唐草镇时博士打来电话，前往宝可梦中心，略微介绍了下各种设施(本作中心和商店合并了)
先回去草丛生
出来左走看到一群人赶集参加活动，原来是等离子团哥吉斯的演讲，叫大家解放宝可梦
演说完毕后出现一个神秘人-N，嘲笑过后直接开战
PM信息：
索罗亚 5级
扒手猫 5级
2号道路遇见麻麻给鞋子，按一下X(B键)就可以跑啦!
获胜后进入三曜市，宝可梦中心隔壁的宝可梦学校遇到裘伦切磋
PM信息：
暖暖猪 10级
扒手猫 8级
打完去三曜市左上角梦之遗迹打NPC升级，问这个NPC顺便获得冷水猿
接下来可以去挑战道馆了，机关是克制窗帘的地上图标，分别踩水、草、火就可以了馆主居然有三个人会按主角初始选的宝可梦属性来接受挑战
三曜道馆
PM信息：
爆香猴 14级
小约克 13级
获胜后得到三角徽章和TM83-自我激励(TM只能用一次，HM可以用无限次，切记)
出了道馆遇到博士助手真菰，拉进家里送HM01-居合斩，令委托主角前往梦之遗迹跑个腿
再次来到梦之遗迹遇到贝尔，发现食梦梦，突然出现等离子团，两方开火
打败小喽啰后突然出现哥吉斯，原来是梦梦蚀让众人产生梦境，此时真菰赶来，拾起食梦梦落下的梦幻烟雾
回到真菰住处，一番对话后获得C-装置和好友手册，并介绍了一大堆梦境同步器的内容
旅程继续，三曜市左边来到3号路，途中有个宝可梦培育屋和幼稚园(可以休息)
没走几步裘伦又上来开打
PM信息：
扒手猫 12级
暖暖猪 14级
获胜后看到等离子团急匆匆跑过，后面贝尔和一小孩紧追不舍，原来是偷了小孩的宝可梦
跟随裘伦大哥深入地下水脉洞穴，痛扁等离子团，抢回宝可梦
顺便在水脉捉一只石丸子准备后面打N，emmm好像又赚了9000...
回去小孩送上治愈球，继续向下出发，又遇到裘伦，了解到深色的草丛可以遇到两只宝可梦
把石丸子放首位，练级
3号路尽头就是七宝市了，阁楼上的NPC
交换
宝可梦中心上方是博物馆兼道馆，刚想进去又碰到N
PM信息：
搬运小匠 14级
豆豆鸽 14级
圆蝌蚪 14级
索罗亚 16级
失败后的N自言自语一番，博物馆里有工作人员可以复活化石
博物馆内部就是道馆了，机关是爬书架找书，很简单，最后打开机关通往地下道
阿罗埃
PM信息：
步哨鼠 18级
哈约克 16级
差不多娃娃 16级
获胜后得到基础徽章和TM67-报仇
突然阿罗埃老公跑进来大喊大叫，原来是龙骨被等离子团抢走了
主角紧追出来，认识了飞云道馆馆主阿緹，同时从贝尔那里获得道具探测器，前往矢车森林路上获得TM94-碎岩
和阿緹兵分两路深入矢车森林，伊布可以在这里进化为叶伊布
森林深处打到偷龙骨的小偷，随后自称七贤者之一的阿斯拉来到，阿罗埃和阿緹也随后赶来
对话一番后阿斯拉离开，阿罗埃赠送主角月之石表示感谢
矢车森林出来后就到天空之桥了，过道里得到先制之爪
穿过长长的桥终于到达伊修地区最繁华的都市-飞云市
入口处下方的拇指码头可以拿到三只猴子进化用的石头(先不进化)
宝可梦战斗协会，一进去就碰到一老头，说几句就上电梯了，先上47层再到55层，打败一众白领和老头后获得学习装置(挂给冷水猴到22级学热水后进化)
顺便找人交易进化地幔岩
城市最上方的飞云广场有一个舞者要求组队，主角帮他找两个舞者一个在苗条街内，街内一大叔突然跳出来送TM70-闪光
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