一是毒性问题 。一些研究学者认为，对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素 。
二是过敏反应问题 。对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏 。
三是是营养问题 。科学家们认为外来基因会以一种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的营养成分 。
四是对抗生素的抵抗作用 。当科学家把一个外来基因加入到植物或细菌中去，这个基因会与别的基因连接在一起 。人们在服用了这种改良食物后，食物会在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，使人体产生抗药性 。
五是对环境的威胁 。在许多基因改良品种中包含有从杆菌中提取出来的细菌基因，这种基因会产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质，生态学家们认为那些不在改良范围之内的其它物种有可能成为改良物种的受害者，生物学家们则担心为了培养一些更具优良特性，其特性很可能会通过花粉等媒介传播给野生物种 。
福临门转基因大豆油小孩能吃吗目前，我国已经发放了5个转基因大豆品种的进口安全证书，主要用以加工成食用油 。农业部曾表示，批准应用及进口的转基因生物都是经过严格的环境安全和食用安全方面的评价，且安全评价表明这些获准应用和进口的转基因生物和非转基因生物都具有同样的安全性，大家可以相对放心地食用 。
对家长们仍然担心转基因大豆含有危害人类健康的有毒草甘膦除草剂残留与有毒“化学浸出”溶剂正己烷残留的行为，其实也是可以理解的 。一些不稳定的转基因大豆油对正在发育成长的中小学生的健康是存在有一定的健康的隐患的，对此大家还是擦亮眼睛，提高警惕 。
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