但是这只是处于理论上得出的实验结果，海面上的环境和实验室环境是不同的 。在海上航行或者停泊的军舰，都会有海洋生物尾随或者微小的菌类藻类附着 。当海洋生物吸附在军舰的表层时，都会把军舰的防腐涂层给扒下来，特别是军舰底部更是海洋生物最喜欢待的地方 。而且它们还会分泌具有腐蚀性的粘液，造成军舰的腐蚀速度加快 。石墨烯即使防腐能力再高，也禁不住这些海洋生物的破坏 。
尽管各国海军为了避免海洋生物附着军舰想出了涂装有毒漆膜，超声波驱赶等办法但是还是没有彻底杜绝 。只要这一问题不解决，什么防腐蚀涂层都是一样的结果 。而且石墨烯是良好的电导体，在军舰内部机器在运行时，都会产生电磁，特别是采用全电推进的军舰，这种现象更加明显 。即使石墨烯出现一根头发丝的裂痕，都会由于电磁的影响而加剧裂痕的扩大，最终导致石墨烯涂层整体脱落 。
【中国南海问题如何解决,南海争端问题如何解决】因此石墨烯必须与其他材料混合以减少其导电性，而目前并没有找到合适的材料搭配产生理想的效果 。尽管石墨烯不适用于海上，但是还是将其应用在了战机的隐身材料上 。我国的歼-20战斗机其表面的隐身涂层就以石墨烯为其中材料之一 。由于石墨烯可以应对各种不同气候，歼-20的隐身材料的耐腐蚀性高于F-22和F-35 。美国的隐身战机的隐身材料过于娇弱，除了要频繁地刷隐身涂层外，还要将其放置在恒温干燥密封的机库中保养，也因此而增加战机的维护费用 。
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