抵达哈尔滨的第三天，为弄清疫情来源，伍连德决定冒险解剖尸体——当时，这被认为是大逆不道 。在当地一间贫民窟里，伍连德进行了中国医生的第一例人体解剖 。经过分析证实，哈尔滨流行的是肺鼠疫，通过人际呼吸飞沫传播 。这是科学史上，第一次提出鼠疫分类 。
当时正值年关，为阻止疫情随返乡过年的人流沿铁路传播，伍连德提出了初步的防疫措施：控制铁路、公路交通，以防瘟疫蔓延；隔离疫区；向关内征聘医生 。他还组织了庞大的运输队，培训、调动包括邮递员在内的各行业服务人员一起投入防疫活动 。
【n95口罩保质期多长时间 n95口罩一般可以使用多久】他在回忆录中写道，“我扮演了一个庞大组织司令的角色，给医生、警察、军队，甚至地方官吏下命令” 。
为了防止飞沫传染，伍连德专门设计了一种双层纱布口罩，用于隔离病患，后来被称作“伍氏口罩” 。这种口罩制作简单，每个只需国币二分半，大家纷纷戴上了口罩，死亡率也极大地降低 。
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