一、有机肥料腐熟后，有机质的分解不仅会增加肥料中的有效养分，还会使肥料中的有机质由硬变软，质地由不均匀变得均匀，并在腐熟过程中杀死大部分杂草种子和病菌、虫卵，从而更加符合农业生产的要求 。
二、富含有机质的有机肥料，其养分形态绝大多数是迟效性的，作物不能直接吸收利用，如果把未腐熟的有机肥料施入土壤中，往往由于分解缓慢，不但当季肥效差，同时还会滋生杂草和传播病菌、虫卵等 。所以在农业生产上，常在施用前采取堆积的方式使农家肥腐熟 。腐熟还能使农家肥释放养分，提高肥效，避免肥料在土壤中腐熟时产生某些对农作物不利的因素 。如与幼苗争夺水分、养分或因局部地方产生高温，氨浓度过高而引起烧苗等 。只有腐熟的有机肥料才有显著改善土壤性质的作用 。
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