黄瓜有时会有苦味发生，这是因为含有一种苦味物质叫苦瓜素(分子式为C32H50O8)的缘故 。一般存在的部位以近果柄的肩部为多，先端较少 。这种苦味有遗传特性，因而苦味的有无和轻重因品种而不同 。根据苦味出现的情况，黄瓜可分为3类：第一类是营养器官有若味而果实可能变苦；第二类是营养器官有苦味而果实不苦，不受环境条件的影响；第三类是植株和果实均无苦味，也不受环境条件影响 。目前许多黄瓜品种居于第一类，因而生态条件、植株的营养状况、生活力的强弱等均可影响苦味的产生 。所以，虽同属于一个植株，其根瓜发苦．而以后所结的瓜则可能不苦 。如果某品种或植株原来苦瓜素的含量就比较多些，而在定植前后因实施水分控制致使液泡中果汁浓度大，相对苦瓜素含量就更高，因而发苦 。以后，水分控制得当，生育迅速，苦味就会消失 。此外，氮素多、温度低、日照不足、肥料缺乏、营养不良，以及植株衰老多病等生育不正常时，都容易形成苦味瓜 。因此，从栽培上应设法使黄瓜的营养生长和生殖生长、地上部和地下部生长达到平衡．可防止黄瓜产生苦味 。
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