1.因地制宜：对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌 。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果更明显 。
2.因温制宜：施用菌肥的最佳温度是25℃~37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差 。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用 。同时还应掌握固氮菌最适宜土壤的含水量是60%~70% 。
3.因混制宜：应注意，不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌 。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草 。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用 。还应防止与未腐熟的农家肥混肥 。
4.因量制宜：对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少 。
5.因时制宜：生物菌肥不是速效肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7~10天施用，效果最佳 。
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