食用菌菌种在培养过程中均会不同程度地发生诸如绿霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及细菌等杂菌污染 ， 高温季节尤为严重 。生产过程中由于杂菌的侵害 ， 往往会引起减产甚至绝收 。因此 ， 寻找杂菌污染的原因 ， 对于提高栽培的成功率和提高经济效益具有重要的意义 。正常情况下 ， 二级菌种和三级菌种的污染率在5%以下 ， 如果超出了这一范围 ， 就需要我们查找原因了 。造成菌种污染的原因如下：
1.灭菌不彻底：培养料灭菌不彻底会造成杂菌污染 ， 一般3-5天即可出现污染现象 。而灭菌不彻底也是由于下列几个原因引起的：
①霉菌操作不当：一般杂菌的菌丝体与孢子经过常压100℃、6-8小时或121℃、0.5-2小时均能杀死 。目前食用菌培养料往往采用常压灭菌法或高压灭菌法 。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大 ， 不容易完全达到灭菌的效果；而高压灭菌法效果则要好得多 。
②培养料性质的影响：制种所需材料的种类、培养料中的含菌量、含水量以及酸碱度等都能影响灭菌效果 。灭菌时 ， 要根据培养料配方的不同 ， 选择相应的灭菌时间 。
③菌种瓶（袋）堆放不当：菌种瓶（袋）在灭菌锅内的堆放形式可影响灭菌的效果 。在排放时要留有一定的空隙 ， 以便蒸汽的流通和升温 。对菌种袋装的培养料灭菌时 ， 由于塑料袋受热后容易变形变软 ， 如装料不紧 ， 叠压堆放时则菌袋之间的空隙会减少 ， 影响灭菌的效果 。
④菌种瓶或菌种袋的影响：制种时一般选择菌种瓶或菌种袋 。塑料袋传热速度快 ， 而玻璃瓶则传热速度慢 ， 在相同培养料 ， 使用相同的灭菌方法时 ， 瓶装料要比袋装料灭菌时间稍长一些 。另外 ， 个别容器密封不严或细小破损 ， 也可以导致杂菌的污染 。
2.接种操作不规范：食用菌接种过程需要严格的无菌操作 ， 如操作不规范则极易造成培养料的杂菌污染 。污染的杂菌一般是接种室空气中杂菌、菌袋表面的杂菌以及接种人员的体表杂菌等 。操作不规范引起培养料污染的特点 ， 是杂菌在培养料表面生长 ， 一般发生在菌袋开口处以及接种处 。因此必须要严格遵守无菌操作规程 ， 接种室要用“菌室专用消毒王”进行严格的消毒处理 。
3.菌种带杂菌：用于扩大培养的原种本身必须是纯菌 ， 这样才能保证菌种的单一性 。如果菌种本身不纯 ， 可造成批量污染 ， 生产中的一批菌种中 ， 集中在一起的菌种都出现污染 ， 而且污染的部位在菌种块处 ， 污染出现较早 ， 接种3-5天即可出现 。因此我们在制种时应尽量采用生活力强、菌龄适宜、抗逆性强的优良菌种原种 。
【培养菌种严防污染】4.培养室不洁净：培养料不洁净、空气不流通、室内潮湿 ， 也可感染杂菌 。这种情况下污染率相对较低 ， 但随着培养时间的延长 ， 污染率会逐渐增加 。大量污染出现比较晚 ， 一般在接种10天后出现 。
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