1.真菌性病害：主要有灰霉病、霜霉病和紫斑病 。如果在初发病叶上着生白色斑点且在湿度大时在病灶处产生大量灰色霉层时即为灰霉病；当叶片产生卵形或近椭圆形病斑，其颜色为黄白病斑，潮湿时病灶处生白色绒霉，干燥时病斑呈枯斑形即为霜霉病；当病从叶尖或中部开始，初为浅褐色小点后呈现褐色小点，后扩大成紫色病斑，上生黑色霉状物且具有同心轮纹，叶易折断时即为紫斑病 。
防治要点：①选用抗病品种，选无病植株采种 。②种子采用50℃温水浸种30分钟，冷水洗净晾干播种 。③选地势较高，易排水地块种植或采用高畦、半高畦栽培 。④避免轮作2年以上 。⑤注意清除病残体 。⑥加强肥水管理，亩施腐熟有机肥2000公斤，增施磷、钾肥；干旱注意浇水，雨后排涝 。⑦发病初期每隔7～10天喷药一次 。连续2～3次 。霜霉病可选77.2%普力克800倍液，64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、80%壮生可湿性粉剂500倍液；灰霉病可选50%速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液，50%扑海因可湿性粉剂1500～2000倍液；紫斑病可选用64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液 。在化学防治中应注意，在大棚中应采用烟雾剂或粉尘法可降低棚内湿度，在喷雾时应采用农药交替或混合使用 。
2.细菌性病害：主要是洋葱软腐病 。其症状为上部叶片（外叶或心叶）黄化，下部磷茎处具有明显的水渍状腐烂，具有恶臭味 。
防治要点 ①避免连作 。②追肥时避免撒到心叶处 。③注意消灭地下害虫 。④浇水时忌大水漫灌 。⑤化学防治可采用72%农用链霉素可溶性粉剂3000倍液或58%增效瑞酮600倍液 。
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