皮肤真菌病——水霉病 由寄生水霉（S.parasitica）所致 。水霉损害使鱼皮上产生局部性灰白色斑块，在水下检视时，有菌丝伸展入水的部位呈棉絮状外观 。也报道有硬头鳟鱼苗的腹腔水霉病 。
防治方法，可用1%孔雀石绿溶液涂敷或用每升水中加67毫克的孔雀石绿溶液浸洗十分钟；每升水中1-2毫克浸浴、洗冲或流水治疗一小时；每升水中0.15毫克长期浸泡，也可用食盐、福尔马林等消毒剂治疗 。
防治真菌病 由暗色孢科霉菌（Dematiaceae）引起的斑点叉尾鲴真菌病，造成内脏粘连与腹膜炎 。类似瓶霉（Phialophora）的真菌引起的脑足分支菌病，大麻哈鱼土生线担孢菌（Scolecobasidium humicola）病，草茎点霉（Phoma herbarum）感染的鲑鱼真菌病，由霍弗鱼霉（Ichthyosporidium）引起的川鲽、鳟及牙鳕真菌病 。
上述疾病目前尚无有效的治疗办法，据报道可用2-苯氧基乙醇（phenoxethol）治疗 。但仅认为在该病的早期有效 。
鳃霉病 由血鳃霉（B.Sanguinis）和穿移鳃霉（B.demigrans）感染引起鱼鳃毛细血管扩张和血管坏死 。鱼感染两天后即可发生死亡，鱼群发病率可高达50% 。防治办法，主要通过严格的卫生制度对发病鱼圹可用干圹施生石灰来消灭病菌 。用量为每平方米用生石灰300克 。
【真菌和藻类引起的鱼病防治】三毛金藻引起的鱼病 小三毛金藻（Prymnesium parvum）是生长于半咸水中的一种植鞭毛虫，因具有细胞外毒素，曾在以色列及其他一些国家中造成鱼类的大量死亡（Sarig,1971） 。三毛金藻可用氨化合物进行杀灭 。方法是喷雾氨水于水池表面，使池水中氨的浓度达到每升水10毫克的水平 。
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