在图3所示的设置窗口中选取【监测狗】标签下的“监视变化”、“检查具有危险性的程序”和“监视保护的注册表主键”选项，这样才能够最大程度的发挥RegRun注册表监测功能，保护系统免受任何威胁 。而且当你安装了防病毒软件之后，还可以在【防病毒】标签中通过自动检测让RegRun和防病毒软件协同工作，将所有病毒程序都拒之门外 。这里的设置好后，RegRun就会以图标形势运行在后台，下面就一起来看看它的实际功能如何吧 。
图 3
1. 检测启动程序
在【注册表】标签中，能够看见启动选项以及当前运行的程序列表 。（如图4）由于这些程序都是在安装RegRun之前就已经驻留在系统中，因此建议大家点击右部最上面的查看按键检测一下它们是否属于正常合法的程序，如果RegRun提示某个程序可能对系统造成破坏，只要点击程序对应的色灯并将其更改为红色就能够暂时中止程序的运行，并将相关的程序从注册表中清理出去 。这样就避免了重新开启计算机之后，木马病毒程序驻留内存的危险 。
图 4
同样，采用上述方法可以在这里对所有的启动程序选项进行检测 。需要指出的是，RegRun检测的启动程序非常全面，不仅仅包括了常见的Win.ini、System.ini、Config.sys和Autoexec.bat等程序选项，还有公共启动程序组、VxD驱动器和许多注册表的启动键值 。建议大家按照上述步骤对每个启动程序检测都检测一下，以确保系统处于正常稳定的运行状态 。2. 启动程序监测
在正常使用计算机的时候，有可能使用磁盘复制文件或者是浏览网页而感染木马程序与病毒，如果这些程序需要在启动Windows时候就自动运行，那么就必须要更改注册表或者相关的启动文件 。只要RegRun驻留在系统后台，这些程序就没有下手的机会了 。因为RegRun会始终对这些重要的启动文件进行实时监测，一旦遇到企图修改的情况，它会立即中止正常的操作，并以弹出窗口的形势引起你的注意 。此时可以判断是否属于安装超级解霸、病毒防火墙等软件必须在开机运行的程序，确认之后点击下部的“那是正常的”允许修改，或者通过“改回来”禁止此次的修改，这样就能够防止木马和病毒软件驻留在系统启动程序中了 。
3. 安全启动
大家都知道Windows 9x启动实际上是先运行Dos内核，然后在其基础上运行Windows程序 。为了确保系统的安全，RegRun的安全启动功能可以从DOS开始就监测所有启动选项的变化 。激活这项功能只要在【安全启动】标签下选取“在DOS平台中运行”命令即可 。以后每次启动计算机的时候，RegRun都会在DOS加载完成后立即对所有的程序进行监测，这除了上述提及的各种启动引导文件之外，连注册表的相关键值都不放过，一旦程序检测到这些启动程序被更改，它还会弹出编辑窗口供你修改确认 。因此RegRun的这种运行模式可以在Windows启动之前进行监测，将有可能威胁到系统安全的木马、病毒及时查找出来，让它们无法潜伏在Windows中运行 。
4. 定制不同模式启动选项
当Windows使用时间长了之后，速度肯定是会下降的，但开机时间长则是由于加载了过多的程序所致 。比如在不上网、不安装软件的时候也许就不需要驻留防火墙，而上网冲浪的时候也不需要超级解霸的光碟伺服器运行在后台，所以我们可以利用RegRun的启动注册表备份功能来定制不同模式的启动选项 。
比如我们操作计算机时候主要分为上网冲浪和游戏两种用途，就可以分别定制两种类型的注册表启动文件 。首先在RegRun的主窗口中先进入【注册表】标签，将病毒防火墙、MSN、OICQ等不需要的选项删除，接着运行“文件->预设文件保存为”命令将其保存为名称是“游戏”的文件；然后将这些删除的程序恢复，并将虚拟光驱、超级解霸光碟伺服器等不需要的选项删除，再将其保存为名称是“网络”的文件 。（如图5）
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