依据病鱼的外观症状诊断
鱼的病灶特征是诊断鱼病的主要依据 。首先采用目检的方法观察病鱼的部位，顺序为体表、鳃部、内脏 。体表按顺序仔细检查病鱼的头部、嘴、眼、鳃盖、鳞片、鳍条等，对肉眼看不到的病原体，须根据症状判断 。鳃部重点检查鳃丝，应注意鳃盖是否张开、鳃盖表皮有无溃烂或透明现象，再观察鳃片的颜色是否正常，粘液多或少、随后仔细观察鳃丝末端是否肿胀或出现溃烂变白现象 。解剖鱼体重点检查肝脏、肠道，观察肝脏是否病变，有无出血点；观察肠道内有无食物，是否充血发炎；观察脾脏、肾脏、鳔等器官有无病变 。如鱼患烂尾烂嘴病时，病鱼尾鳍缺损，吻部溃烂；寄生瓣体虫时，体表出现形状不规则的白斑；患细菌性肠炎病时，肛门红肿或外突，用手轻按腹部，有浓状液体流出等 。
依据镜检情况诊断
病鱼(特别是寄生虫性疾病)通过肉眼观察往往还不够，需结合显微镜下观察虫体方可确诊 。镜检时，从鳃组织、体表组织或体表粘液等病变部位取少量组织或粘液置于载玻片上，用滴管加一滴普通清水；若是内脏组织，用0.85%的生理盐水，然后盖上盖玻片，稍用力压平后，置于显微镜下观察，结合各种寄生虫的外形特征观察确诊 。发病初期，病鱼外表病害特征往往还不是很明显，因而选择镜检的病鱼也很关键，不然会因选择健康尚未发病的石斑鱼进行镜检而造成误诊 。镜检发病初期的病鱼，要选择体色异常、游动乏力、旋游狂窜、烦躁不安、失去平衡、呼吸困难、鱼体消瘦、不摄食、鳃或体表粘液分泌增多、离群静止于水底等特征的鱼 。
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