在我国水产养殖业进入快速发展、集约化养殖不断扩大、产量大幅度提高的同时也带来负面影响——养殖水体严重污染 。养殖水体污染是由人类的养殖活动，养殖对象自身分泌、排泄，饵料过剩等因素造成，水质因子平衡失调，促使病原菌大量滋生，引起多种水产疾病频发：
1.水体富营养化引起有利藻类生长被毒害藻类生长所替代，改变了藻类种群，水体毒性增强，水体溶氧剧烈波动及鱼类疾病的并发 。
2.重金属的富集、吸附作用影响水生生物的生长，如水体受重金属（汞、铅、镉等）及其他有毒物质（如氯化物、砷化物、亚硝酸盐等）污染，易引起各种中毒和疾病 。
3.环境遭到破坏，水化因子改变，水体恶化，影响鱼类生长和鱼产品质量等 。
养殖水体污染类型及来源
养殖水体自身污染：营养调控不当造成水体污染，由于投喂饲料的单一性，饲料中营养元素成分不齐全，饵料系数偏高，摄食量下降导致残饵过多，影响鱼类生长，易造成传染性疾病和营养性疾病 。随着养殖密度的增加、投饵量增大、水体负载超过饱和程度；养殖生产中饵料过剩，产生大量氮、磷等营养元素，水体富营养化，有害藻类暴发性生长；水体溶氧日差大，易缺氧；此外，营养物质的不平衡，养殖种类氨、氮排泄物过多，磷的有效吸收较低等都是营养不当带来的污染 。
药物的滥用：养殖规模和面积不断扩大，病害流行日趋严重 。目前，水产疾病防治技术的滞后及养殖户用药知识匮乏，导致大部分养殖户不能对症下药，不能仔细分析病因，滥用价格低廉、残留严重的各种抗生素、化工原料等 。这样不但对治疗鱼病无效，反而带来严重的污染及毒害作用，使细菌、病毒等产生耐药性而大量繁殖，疫病蔓延，影响水产品品质 。有些药物虽然对治愈病害起到一定作用，但造成水体严重污染，且很大程度上破坏水体环境及水产养殖品种体内微生态平衡，使养殖对象失去一些正常生理屏障及生物拮抗作用，病原菌易于繁殖，鱼产品质量不能达到健康养殖标准 。
外源性污染：工农业生产污水和居民生活废水、废物常常未经处理就直接排入江河、湖泊、海洋等，成为污染渔业水域生态环境的主要原因之一 。生活污水中铁、锰、氢氧化物悬浮物所引起的浑浊，虽不产生直接危害，却能降低水体透明度，减少太阳辐射，限制了鱼类正常活动和摄食；生活污水中有机物大量富集出现，水体富营养化而导致鱼类缺氧浮头 。
工业废水对渔类污染具有毁灭性危害，造纸厂的硫化物可致死鱼类；农药厂的产品和原料毒害作用比较大；热电厂的废水是热污染主要来源，引起水温聚升，使鱼种群改变或死亡；电镀等行业中产生含氰化物废水，合成洗涤剂的废水等都具有严重的危害性 。
有毒物质的污染：水体中各种有毒物质，如饲料污染中的硫化氢、氨氮等有害物质，工业污染中的氰化物、铬、铜、洗涤剂等有毒物质进入水体后都会不同程度影响水生生物 。浓度过高，会迅速直接杀死水生生物，浓度低，先富集于生物体内，进而转化产生危害 。
病原微生物污染：由于养殖过程中的不合理养殖管理模式，如长期不清淤、大量投喂鲜饵、放养密度过大、养殖容量超载等，导致底质中有机物含量过高，病原微生物大量繁殖引起污染 。如，在寄生虫性病害中，以有机质细菌为主食的孢子类、鞭毛类等原生动物大量繁殖；在病毒性病害中，南美白对虾、日本对虾等养殖中流行以白斑综合征为主的对虾病毒；在细菌性病中，弧菌、假单胞菌等给水产养殖动物带来直接或间接危害；病原微生物直接致病，与治病过程中带来的药物污染一起破坏水体，危害鱼类 。
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