1、形态特征不同 。
荆芥穗：本品穗状轮伞花序呈圆柱形，长3～15cm，直径约7mm 。花冠多脱落，宿萼黄绿色，钟形，质脆易碎，内有棕黑色小坚果 。气芳香 ， 味微涩而辛凉 。
【荆芥穗与紫苏的区别】紫苏：多年生植物 。茎坚强，基部木质化 ， 多分枝 ， 高40-150厘米，基部近四棱形，上部钝四棱形，具浅槽，被白色短柔毛 。
2、产地不同 。
荆芥穗：全国大部分地区均产，主产于江苏、浙江、江西等地 。
紫苏：产新疆 ， 甘肃，陕西 ， 河南，山西 ， 山东 ， 湖北，贵州，四川及云南等地；自中南欧经阿富汗 ， 向东一直分布到日本，在美洲及非洲南部逸为野生，模式标本采自欧洲 。
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