本作共有六个秘传机：
1、居合斩，完成三阳市的第一道馆离开后于剧情取得；
2、飞天，完成帆巴市的第五道馆后,按剧情和贝儿)对战后取得；
3、冲浪，完成第六道馆后,于螺旋山剧情取得；
4、怪力，在位于雷纹市的PC左后方的屋内问人即可取得；
5、攀瀑，在位于18水路左边岛上最左边的左下角获得；
【口袋妖怪黑白秘传机都有什么】6、潜水 ， 在最左边听潮镇精灵中心左边于沙滩女子处获得 。
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