随后几年，毛文龙时时袭扰金州等地，虽然经常得而复失，胜少败多，但是对后金军起到一定的牵制作用 。可以说，有毛文龙在，后金就不得不随时提防他的偷袭，不知道什么时候，什么地方就有毛文龙的军队士兵钻出来，给后金军来一下子 。后金军明知道毛文龙就在皮岛上，却看得见，摸不着，拿他没有办法，因为一到海上水中，后金的骑兵优势就半点发挥不出来，想要攻打毛文龙，只能是自找麻烦 。
当年，明朝把毛文龙活动的长行岛(瓦房店长兴岛)、麻羊岛 (金州区蚂蚁岛)、金州、复州、盖州、海州、旅顺、三山岛、广鹿岛、长山岛、石城岛等诸岛屿及镇江(九连城)一带统称为东江防线 。毛文龙坚守东江防线，以辽东沿海诸岛为根据地，牵制后金8年 。
明军自毁防线
袁崇焕设局杀掉毛文龙毛文龙牵制后金功不可没，但也存有边镇诸将的通病，引起朝臣议论纷纷，说他拥兵跋扈、不受节制、虚报战功、虚冒军饷 。据说他还曾结交过魏忠贤等专权太监，更加招人嫉恨了 。
袁崇焕老早就对毛文龙心怀不满，恰巧他被重新起用，于是决定设局杀掉毛文龙 。崇祯二年(1629年)六月初五，袁崇焕以阅兵犒师之名，召集毛文龙及其部下，一一慰问 。袁崇焕逐个询问其姓名，没想到许多人都说自己姓毛，此时毛文龙解释说：“他们多是在下的儿孙”，更是犯了袁崇焕的大忌 。
随后，袁崇焕暗地里叫属下把毛文龙和随行兵分开，命令部下擒拿毛文龙，剥去冠裳 。毛文龙以为是皇上要杀他，便叩首乞求免罪，但是袁崇焕不为所动，并说“如果不杀你，东江地区迟早会脱离朝廷，落入你手中 。”随后，袁崇焕当众历数了毛文龙十二条罪状，然后取出尚方宝剑将毛文龙斩了 。第二天，袁崇焕为毛文龙举行了祭礼 。
事后，为笼络、分化和稳定毛文龙的旧部，袁崇焕宣布：毛文龙部下照旧供职，各复原职;改编东江军队，分为四协，分别由毛文龙之子毛承禄、旗鼓中军徐敷奏、游击刘兴祚、副将刘继盛统辖 。
毛文龙死后，毛家军内部矛盾日益激化，呈现出内乱不止、分崩离析的危局，先后出现刘兴治与耿仲裕在皮岛作乱，之后又有孔有德和耿仲明在山东登州作乱，自毁了明军的辽东沿海防线 。
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