工伤认定申请下不来，那么费用应该由员工本人承担，在工伤认定为工伤之后，医疗终结后是可以申请报销的 。如果不能认定为工伤，那么费用就只能自己出了 。但是可以使用医疗保险进行结算 。
【法律依据】
【工伤认定申请失败药费由谁出 工伤认定申请失败药费由谁出钱】《工伤保险条例》第二十条 ， 社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位 。
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