噬菌体也可以进一步保护其宿主 。 铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa）作为一种致病菌 ， 通常会引起肺炎并导致多种疾病 。 患有囊性纤维化等肺部疾病的人无法完全清除其肺部的细菌 ， 即使服用了能杀死这种致病菌的抗生素 。 一些铜绿假单胞菌会将丝状噬菌体整合到它们的基因组中 。 2019年 ， 斯坦福大学的伊丽莎白·伯格纳（Elizabeth Burgener）和保罗·博利基（Paul Bollyky）等人领导的研究小组发现 ， 丝状噬菌体可以在细胞外面形成一层保护性外层——碳水化合物和蛋白质层 ， 帮助铜绿假单胞菌躲避抗生素的攻击 。 这使得它们能在适当的地方隐藏直到抗生素在人体内被完全代谢后 ， 继续繁殖并引发感染 。
有益的病毒
试图利用生活在人体内的病毒来改善健康 ， 本身并不是很新奇的想法 。 我们发现类似的情况已经在自然发生 ， 当噬菌体在人体内四处移动以寻找适合寄生的细菌时 ， 其中一些会附着在鼻子、喉咙、胃和肠道细胞的粘膜表面 。 虽然噬菌体不能在这些细胞中复制 ， 但它们可以埋伏在那里 ， 等待一个容易入侵的宿主经过 。
从理论上讲 ， 这个过程可以保护我们免受某些疾病的伤害 。 假设你吃了被沙门氏菌（salmonella）污染的食物 ， 当这种细菌经过胃时 ， 胃膜表面上的噬菌体会感染细菌 ， 并在细菌导致疾病之前杀死它们 。 通过这种方式 ， 噬菌体事实上可以作为免疫系统的一部分 ， 来帮助我们抵抗一些对人体有害的细菌 。 目前还没有人证实这一点 ， 但2019年芬兰的一个研究小组表明 ， 粘附在猪和虹鳟鱼黏液上的噬菌体能存活7天 ， 它们在这一期间能帮助这些动物抵御一类感染它们的细菌 。
一种备受关注的噬菌体是crAssphage ， 该噬菌体由荷兰拉德布德研究所的巴斯·迪蒂（Bas Dutilh）在2014年发现 。 此后的研究表明 ， 除了传统的采猎人群 ， 这种噬菌体栖息在世界上绝大多数的人体内 。 传播如此广泛的病毒是十分罕见的 ， 目前也没有人发现它和某种疾病有关 。 科学家认为它能控制一种常见的肠道细菌——拟杆菌（Bacteroides）在人体内的流行 。
对于噬菌体有可能抵抗激增的耐药菌这一点 ， 一些内科医生表现出浓厚的兴趣 。 一百多年前 ， 噬菌体就被发现了 ， 当时的医生们试图用噬菌体来治疗致病菌 ， 但没有取得很大的成功 。 20世纪40年代 ， 由于抗生素更有效且便于使用 ， 在世界上大多数地区 ， 人们用它替代了噬菌体疗法 。 如今 ， 一些医学研究人员正在对噬菌体开展新的研究 ， 例如洛克菲勒大学的研究人员使用一种噬菌体酶来对抗耐甲氧西林葡萄球菌（MRSA）感染 。
多年来 ， 许多医生都不敢使用噬菌体 ， 因为他们不了解人类免疫系统是否会对其过度反应 ， 导致危及生命的炎症反应 。 用于治疗的噬菌体需要利用细菌来进行培养 ， 如果在噬菌体疗法使用之前无法将培养它们的细菌完全清除 ， 后者将会在人体内引起强烈的免疫反应 。 如今 ， 我们有了更先进的噬菌体提纯方法 ， 在很大程度上减轻了人们对不良反应的担忧 。 真正限制噬菌体治疗传染病的原因是 ， 发现有效的病毒非常困难 。 多年来 ， 研究人员一直在噬菌体的自然栖息地仔细搜寻 ， 试图发现可以对抗人类致病菌的噬菌体 。 目前 ， 我们已经知道病毒大量存在于粪便、唾液和痰液中 ， 而一些研究者还意识到当地的污水处理厂也可能是噬菌体最丰富的来源之一 。
少数类似的噬菌体已经被用于实验性治疗 。 2016年 ， 来自加利福尼亚大学圣迭戈分校的罗伯特·斯库利（Robert Schooley）监办了一个具有里程碑意义的案例 。 在这个案例中 ， 医生们利用污水和环境来源的一些噬菌体 ， 成功治疗了该校因感染鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii）而出现多器官衰竭的汤姆·帕特森（Tom Patterson）教授 。
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