如果温度合适，嗜渗酵母能缓慢繁殖，导致蜂蜜发酵，表现为蜂蜜“起泡”、瓶盖鼓胀等 。有种说法认为，天然成熟蜜中含水量在20%以下，不用担心发酵问题，但实际上并非如此 。即使经过低温浓缩处理，“货真价实”的蜂蜜依然存在发酵现象，因而，嗜渗酵母是现行蜂蜜国标中重要的食品安全指标 。需要提醒的是，和很多人的认知不一样，通常来讲，蜂场的原蜜、散装蜜、土蜂蜜对嗜渗酵母的控制比较差，因此不耐储存，更容易发酵变质 。
企业制定的产品保质期通常基于稳定性试验、货架期实验等技术参数，因而不同类型的产品，甚至不同包装、不同分量的产品，保质期都可能不一样，但制定保质期的目的是一样的，那就是确保整个货架期内产品的安全性和食用品质 。考虑到仓储、货运、储存条件及供应链等因素的影响，企业制定一个相对保守的保质期是很明智的举措 。
发酵的蜂蜜会产生轻微的酸味、酒味，虽然并不影响食用安全性（能吃），但会影响品质（不好吃） 。因此，尽管蜂蜜是耐储存食品，但通常还是标注“保质期为18～24个月” 。当然，只要企业有把握和底气，坏了包赔，定个5年、10年也是完全可以的 。
蜂蜜非常耐存放，但要注意两点：一是存放在阴凉、通风、避光处，可以冷藏，冷藏时出现白色絮凝为正常现象；二是需要密封，防吸潮，取用蜂蜜的时候不能用带水的勺子，也不要用舌头舔瓶边的蜂蜜 。如果购买的蜂蜜过期了，只要没有明显异味，完全可以继续食用，当然扔掉也是合理的 。如果你不介意的话，买超市的临近保质期蜂蜜，其实是非常划算的呢！
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