这样的现状一直维持到王莽篡位，建立新朝，他为了展现自己对于政治权利的掌握，将九卿重新进行正式划分，创造了九个新的官员职务，分别是大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞 。
虽然这些职位名称只存在了很短的一段时间，但刘秀建立东汉之后也沿袭了设立九卿的官僚体系，只不过官员名称改为太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府，后来的许多朝代也采用九卿的官僚制度，只是将名称与职能变换了一下 。
可惜，九卿官僚体系也与三公体系一样，并未在朝堂中长青不败，到了隋唐时期，也变成了有名无权的虚职，只能处理一些丧葬嫁娶的事情，与权力政务彻底剥离开来 。三公与九卿两种官僚体系被淘汰之后，三省六部这种全新的官僚体系登上了“历史舞台” 。
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