宋理宗御赐“白鹭洲书院”五字，与庐山白鹿洞书院、铅山鹅湖书院、南昌豫章书院并称江西四大书院 。宝礻右四年(1256年)临安开考,吉州生员中进士40名,占该年"高考"全国录取进士总数的九分之一,其中文天祥以他的文才、志向,或许还因他的大号“宋瑞”被钦点为状元,宋理宗御笔亲题“白鹭洲书院”的匾额以示褒奖 。
元代至元十九年(公元1282年)，书院被洪水冲毁，吉安路总管李珏修复 。至正十二年(公元1352年)，红巾起义军与元兵战于吉安，书院大部被烧毁 。时过二年，又遭大水，书院毁坏殆尽 。至正十五年重建，恢复旧观 。明代嘉靖五年(公元1526年)，吉安知府黄宗明又重修 。到嘉靖二一年，曾将书院从白鹭洲迁离，在城南仁寿寺址另建新院舍 。
至咸丰六年(公元1856年)，太平军与清兵激战于吉安，书院又被焚毁，至同治二年(公元1863年)，经知府曾省三倡修恢复 。洲头现存的风月楼、云章阁以及一排排的斋舍，就是同治二年最后一次修建时所遗留下来的建筑 。而洲中心现存的鹭池，则是明代万历二十年重修书院所开辟 。
白鹭洲书院自宋代创建，迄于清代，数百年来，造就了大批人才，尤其是培养了象文天祥这样出类拔萃的世代楷模，的确是这所书院的骄傲 。清代曾在白鹭洲书院主持讲席的著名学者施闰章有诗赞道：“鹅湖鹿洞寻常事，不信风流限古今 。” 760多年来，这块对庐陵文化发挥过重要作用的教育圣地、培养人才的摇篮一直文风鼎盛，桃李满天下 。
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