方文发表后不久，就有细心的网友发现其中的破绽 。
文中有一句：“至少有两个临床报道称，麻腮风疫苗中的新霉素残留可能引起了急性全身过敏反应”，同时注明参考文献2和3，然而其中的参考文献2（http://t.cn/Ai3pBtgZ）根本没有列出任何病例，只是一篇很短的评论而已 。
方舟子所列出参考文献白纸黑字，因此虚构病例被抓现行之后，实在是无法狡辩，只好很快发推特更正说：“不好意思，一开始误引了一篇文献（对内容无影响），已更正，转载请以改过的为准“，然后删除了参考文献2，并将那句话改为“有临床报道称，麻腮风疫苗中的新霉素残留可能引起了急性全身过敏反应” 。
且不说是方舟子自称的“误引”，还是为了误导读者故意突破科普底线假造病例，退一万步说，即便是误引，方舟子科普水平之低劣也可见一斑 。要知道喝了多年“洋墨水”的方舟子很喜欢嘲笑别人英语不好 。而对自己英文自信满满的方舟子，怎么连这么短一篇评论里有没有病例都搞不清？
更大的问题在于，那篇错误文献的引用所导致的结论，绝非如方舟子所自我开脱的“对内容无影响” 。
本来，方文和陶文争论的焦点就在于是否需要担心疫苗中的新霉素残留 。现在方文修改后，列出的文献里的病例从“至少有两个”变成了“最多有一个”，而且这唯一的病例还并不能确定急性过敏反应确实是由于新霉素引发 。说白了，疫苗中新霉素残余引发的急性过敏反应迄今根本没有发生过，这种事情的发生概率，和担心走路被天上掉下的陨石砸死如出一辙 。
为了增加自己文章的权威性，方舟子煞有介事地引用来自美国疾控中心的操作建议：
美国疾病控制中心的建议是，如果曾经有过对新霉素严重过敏（急性全身过敏反应），那么就不应该接种那些会残留新霉素的疫苗（包括麻腮风疫苗、灭活脊髓灰质炎疫苗、带状疱疹疫苗、流感疫苗等） 。如果只是对新霉素有过接触性皮炎反应，可以正常接种（文献3） 。
接种疫苗对个人、社会都有好处，但是对个人也有一定的风险，所以应该权衡收益与风险之后做出决定 。如果不知道自己是否会对新霉素过敏，或者只是有过因新霉素导致的接触性皮炎，由于新霉素引起严重过敏反应的本来就很罕见，碰巧因疫苗中新霉素残留引起严重过敏反应的风险就更低了，在这种情况下，接种疫苗的收益大于风险，应该正常接种 。
如果对新霉素有过急性全身过敏反应，在这种情况下疫苗中新霉素残留引起严重过敏的风险大大增加，接种疫苗的收益小于风险，就不应该接种那些含有新霉素残留的疫苗 。
细心读者对比陶文，不难发现，方舟子的说法和陶文给出的建议几乎一模一样 。
陶文称“不知道是否对抗生素过敏，那么按照“疑罪从无”的原则，当作不过敏来处理“ 。方文说“疑罪从无”的说法不妥，可是对于这样的人群，方文给出了不同的建议吗？没有，还是建议照常接种 。那方舟子你让别人担心什么呢？
非要说两篇文章在此有什么区别，也只是陶文称对新霉素有严重过敏史的患者接种含新霉素残余的疫苗时应谨慎，而方文援引美国疾病控制中心的说法称有此类病史的不应接种这些疫苗 。
科学公园编辑部邀请的审稿人查阅相关文献后发现，并非所有权威机构都认为有新霉素严重过敏史的人应该一律避免接种相关的疫苗，例如美国过敏、哮喘与免疫学会就建议在接种前进行皮试 。所以陶文此处表述虽然可以更清晰明确一些，但也算不上是错误 。
方文题目是《不用担心疫苗中的抗生素残留吗？》 。一般来说，看到这类反问句形式的题目，人们总是默认文章会给出否定性的回答 。可是如果仔细读完方文，我们实际上可以得出结论：真的不需要担心疫苗中的抗生素残余 。
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