也就是说，华盛顿虽然可能把双方的优点集中起来，但他无法彻底解决杰斐逊和汉密尔顿之间的巨大分歧，使他们握手言和 。他只得致力于把两人的争斗“关在内阁里面”，使其不致动摇整个联邦政府大厦 。但最终这两位元老还是退出了内阁，于是民主一共和党人的矛头开始指向华盛顿，各种尖刻的批评意见严重刺伤了他的自尊心 。
在对外关系方面，因为英国伙同欧洲其他君主国一起攻击新生的法兰西共和国，整个欧洲都卷入了战争 。华盛顿宣布的“严守中立”的政策，遭到了拥护法国革命的杰斐逊和民主一共和党人的反对 。在国内，最大危机是发生在宾夕法尼亚的“威士忌暴乱”，这是因征收酒税而引起的宾夕法尼亚西部边疆小农的反抗斗争 。华盛顿亲自率军镇压 。
由于对政治感到厌倦，也觉得自己日渐疲劳，华盛顿决心在第二次任职后退休，并表示拒绝再次连任 。1796年9月17日，他发表“告别演说” 。在演讲中他这样告诫国人：
……极为重要的是，你们应该正确地估计国家的团结对你们集体和个人幸福的巨大价值，你们应该对它怀有真诚的、自然的以及坚贞不渝的感情，要习惯于像对待政治安全与繁荣的守护神那样想到它或谈到它，要小心翼翼地保护它，要驳斥一切抛弃它的想法，即使对它抱有丝毫怀疑亦不允许，要义正词严地反对可能分裂国家的任何企图 。
在考虑到可能扰乱我们联邦的各种原因的同时，有一件亟须特别关注的事情，即地理差别居然成为区别党派的特点的根据，如北方的和南方的，东部的和西部地区的，而别有用心之徒可能力图煽动人们相信，地方利益和观点的确存在差异 。他们认为，为了在特定区域内获得影响力，应当组建党派，而党派的一个惯常手法就是歪曲其他地区的意见和目的 。你们一定要提高警惕，防止由此种歪曲所引起的猜忌与不满 。猜忌与不满易使本应情同手足般紧密联系在一起的人们彼此疏远 。
同胞们，我请求你们相信我，一个自由的民族应该经常警惕外来势力的种种阴谋，因为历史与经验证明外来势力是共和政府最有害的敌人之一 。但是有效的戒备必须是公正的，否则它就会为它本应避免的那种影响所利用，而不是防御的手段 。过分偏爱某一个外国，过分讨厌另一个外国，使那些被鼓动的人只看见一个方面的危险，会掩盖甚至本质上支持了另一势力的诡计 。
华盛顿任内的最大成就之一就是坚决维护了联邦的统一，无论国内政策还是国外政策，他都是完全从维护美利坚共和国的利益出发，也即从全局的角度来考虑美国国家的利益 。不幸的是，他的担心在半个多世纪后变成了现实 。从中也可以看出，美国的统一在很长时间里依然是一个非常严峻的问题 。
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