第三类：违反生态保护红线管控建房。根据宅基地确权的新规定：如果房屋建造在自然保护区、饮用水水源保护区、甚至明显侵入当地划定的生态保护“红线”，这类房子不能进行确权登记。保护环境就是保护我们共同的家园，对于每个人而言，都应该把保护环境放在很高的高度。不管这类房子能不能确权，我们都不能建设影响环境的房子。还有一种特殊情况：在申请建造的时候还不是保护区或者生态区，但是房子建好之后，这片区域被划为保护区或者生态区。这类房子都有可能面临拆除，不过因为责任方不在个人，拆除的话国家会有一定的补偿。如果明知是不能建房的生态区或者保护区，还执意自建住房的话，不仅不能进行确权，还会进行拆除，必要的时候还会有一定的惩罚。
第四类：小产权房。小产权房的转正问题一直有很多人关注，一些购房者在买房的时候就抱有一些侥幸的心理，买房的时候低价买入，如果未来小产权房能转正的话就能大赚一笔。不过很多购买小产权房的人也是没有经受住售楼人员的花言巧语，售楼人员一般会告诉购房者，购买小产权房的人很多，正所谓“法不责众”，未来小小产权房转正的概率很高。不过这些都只是售楼人员为了卖房子而编出来的说辞，小产权房能否转正他们根本就不知道。2020年自然资源部和农业部关于小产权房的转正问题进行明确表态：不能够对小产权房进行确权，更不能通过确权的方式把小产权房这种土地违规使用合法化。小产权房属于违建的房子，属于违法使用土地，根据自然资源部和农业部的声明，农村的小产权房既不能进行确权，也不能通过确权的方式进行转正。当然宅基地确权新规中也有明确的说明：小产权房无法通过确权登记，获得合法身份。
以上属于比较典型的4类不能确权的宅基地，农村的朋友应该提前了解一下，同时也配合好宅基地确权登记的工作。当然全国的宅基地数量众多，也有很多复杂的情况，可能还会存在个别特殊的情形。如果遇到特殊情况，应该向有关专业人士询问，也可以在评论区进行讨论。
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