事情发展到这一步，其实已经超出了案件本身的讨论范围，变成了慎刑派和重刑派之争 。北宋初年，宋太祖赵匡胤、宋太宗赵光义均认为应该“用重典以救时弊”，因而推崇重刑治国，各级官员在执行法律时，多以从严、从重、从快为标准 。因此，《宋刑统》虽基本沿用《唐律》，但在执行力度上，却要严厉的多，这是符合北宋初年天下大势的 。而随着政治社会的逐步稳定，重刑治国思想显然不再符合社会发展，因而很多大臣便希望将“罪疑惟轻”当成断狱和立法的普遍准则，而不再是法外施恩的临时举措，因而形成了慎刑派 。而重刑派则认为应该遵从祖训和旧例，对犯罪行为保持严惩态势，从而保证威慑效果 。
而“登州阿云案”恰好发生在律法从严到宽的关键转折阶段，双方自然据理力争 。然而，朝臣虽然争执不下，但宋神宗却是支持慎刑派的，毕竟“谋杀已伤，按问欲举，自首，从谋杀减二等论”的诏书就是他自己下的，因而王安石的意见最终被采纳，皇帝下敕令“以王安石意见为准” 。同时，大理寺、审刑院和刑部审理阿云案的官员则全部因为“检法失当”而获罪 。
然而，即使作出“终审判决”的是皇帝本人，但仍有朝臣不服，齐恢、王师元、蔡冠卿等人继续上奏，坚持认为许遵等人意见不公 。宋神宗于是令王安石和王师元等人反复辩论，但双方相持不下，“与唐介等数争议于帝前” 。因唐介已经是参知政事，由于他的加入，导致争论的规模越来越大，直到最后吕诲上书“请中书、枢密院合议” 。然而，合议的结果却是中书宰相“陈升之、韩绛议与安石略同”，吕公弼也表态支持王安石 。但枢密院文彦博则支持司马光，双方寸步不让 。
熙宁二年(1069年)，宋神宗提拔王安石为参知政事，开始准备推行变法，不愿再在阿云案上僵持下去，于是在该年二月下诏“从今以后，凡是因谋杀而致人受伤的，如果自首或者按问欲举的，就上奏朝廷，由皇帝决断”，打算用和稀泥的方法了结此案 。
然而，面对皇帝的圣旨，刑部官员刘述、丁枫认为诏书不够明确，不能发表 。于是神宗干脆重新下诏“以后碰到这类案子，按去年七月的诏书意见处理”，也就是按照王安石的意见执行，并将前一封诏书收回 。
然而，刘述等人依旧反对，并要求将前一封诏书交由中书省和枢密院合议 。而此时，由于王安石变法已经开始，因变法触动了很多人的利益，这些人自然而然的便站到了王安石的对立面，于是阿云案又被卷入了新旧党争之中 。对于守旧派来说，他们的目的就是不惜一切代价、手段，全力打压变法派 。这些人根本不去关心案件本身，只要是王安石支持的他们就反对，只要是王安石反对的他们就支持 。
同年八月，由于朝臣围绕阿云案仍然争论不休，甚至已经有发展为党争的趋势，为了尽快了结此案，宋神宗再度下诏，“以后这类案子，还是按照今年二月的诏书办理”，同时将刘述等人贬职，司马光上奏力争，神宗不予理会 。
于是，历时两年之久，阿云案至此终于迎来了一个结果，由于阿云的婚姻不合法，因而阿云最终被判处编管(即流放)，而编管流放的阿云又很快遇到大赦，因而很快便恢复了自由身，得以重新嫁人生子 。
那么此案至此就彻底了结了吗?事实上并没有，就在此案结案十六年后，即元丰八年(1085年)，宋神宗去世，年仅九岁的宋哲宗继位，高太后垂帘听政，司马光再度为相，旧党重新控制朝廷 。于是，司马光重提此案，同年十月，宋哲宗下诏，“强盗按问欲举自首者，不用减等”，此案竟然再度出现反转 。
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