当分区完成以后，使用W（Write）确认设置，使用Q（Finish）退出disklabel系统，然后就可以向选定的分区上安装操作系统软件本身了 。
选择安装组件
由于操作系统本身由不同的部分组成，不同的使用者可以根据自己的需要进行选择，因此，安装程序将显示出一个Distributions 选择菜单，提示不同种类的使用者选择自己需要的系统组件 。
对于一个完整的系统，所有的这些内容都十分有用 。如果不是为了节约硬盘空间的原因，应该选择All全部安装 。但全部安装就需要相当多的磁盘空间，一般情况下为了节约磁盘空间，可以选择不同的安装选项 。但即使要安装一个精简的FreeBSD系统，仍然建议安装内核源代码，这样才能按照机器的具体硬件来定制一个更高效的内核 。因此至少应该选择Kern-Developer选项，此外也可以选择多个部分，例如同时选择Kern-Developer和X-User，或者使用定制方式（Custom），使组件的选择更为灵活 。
当选择了Custom之后，则Sysintall将显示出所有可选择安装组件的详细列表，供安装者选择需要的组件 。
在Custom菜单下，可以逐项选择要安装的组件，为了方便起见，可以在上一级菜单中先选择好某类组件，然后再在这里略加修改 。
注意，由于DES算法受美国法律的出口限制，需要进行审批，因此FreeBSD缺省使用的加密算法为MD5算法 。DES算法只在某些特定的软件中是必须的，例如当使用NIS与其他使用DES算法的计算机共享口令文件时 。
如果需要安装DES组件，可以选择DES组件，名义上这个组件不是直接从美国出口，而是来自欧洲或其他非北美地方的，从形式上避免这个问题 。此后的安装过程中FreeBSD还会使用一个对话框警告安装者，可以简单确认即可 。
FreeBSD还将询问是否安装Ports Collection的源码，Ports Collection是用于帮助用户编译、安装、维护应用程序的一个非常有效的工具 。它是FreeBSD系统的一部分，是FreeBSD的诸多开发者将应用软件移植到FreeBSD上的努力，比起预编译好的Packages，它更为灵活 。因此最好安装Ports Collection，以方便以后定制应用软件 。
如果要想使用图形界面，就应该选用的XFree86相关的安装组件 。由于XFree86也是由多个部分组成，也可以选择各个部分进行安装，以节约磁盘空间 。
XFree86中包括基本组件Basic，不同的X Server组件，字体组件 。一般情况下应该进入各个组件内部，在缺省设置的基础上修改选择的内容 。Basic菜单下的设置一般不必改动，在Fonts菜单下可以选择增加中文字体 。最重要的选择是Server菜单中的选项，应该选择适合自己显示设备的X Server 。
在X Server的选择菜单中，除了选择自己显示卡对应的X Server以外，还应该选择VGA16的XServer，这用于运行XFree86的设置程序XF86Setup 。如果不能十分确定自己显示卡的类型，应该多选择几种X Server，等设置X Windows时再确定哪个X Server适合自己的显示设备 。
当选择好Basic、Fonts和Servers中的选项之后，就可以使用Exit菜单退出这个菜单选项，进入真正的复制系统的安装过程 。
安装系统文件
在安装程序Sysinstall正式复制系统文件之前，安装程序将询问安装介质位于何处 。
最常用的方式是使用CDROM进行安装，这时不需要额外的配置 。进行网络安装（NFS或两种ftp方式），则要求首先配置网络界面、远程服务器的IP地址及安装文件所在的目录 。从DOS分区下安装要输入安装文件所在的DOS目录名，从现存文件系统下安装可以允许从已经安装的目录下（可以是NFS、UFS、MSDOS或CD9660系统）进行安装，此时需要先使用Fixit盘启动应急界面，预先安装上相应的安装介质 。软盘和磁带安装方式也不需额外的配置 。
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