刘基是大明王朝的开国元勋之一，但朱元璋大封功臣时，刘基却不求名利，不以功臣自居，一再谦让，故官爵比其他功臣低，授御史中丞兼太史令、弘文馆学士、开国翊运守正文臣、资善大夫、上护军，封诚意伯 。年俸禄240石，也比其他受封伯爵的大臣低 。但即便如此，由于他嫉恶如仇，刚正不阿，敢于直言，不久便得罪了丞相李善长、胡惟庸等人，并逐渐失云朱元璋信任 。洪武四年（1371），刘基请求告老还乡，退出政治舞台，时年61岁 。
刘基还乡后，虽然不与地方官来往，从来不讲自己的功劳，唯棋酒诗文自娱，行为十分谨慎，但仍遭丞相胡惟庸暗算，指使人诬陷他在家乡强占有”王气”的坟地，引起朱元璋疑忌，被夺去俸禄，致使刘基引咎京，不敢回家 。后忧郁成疾，吃了胡惟庸派来的太医药后，病情加重，朱元璋遣使护送回家 。不久，便不明不白死去了 。这一天是洪武八年（1375）夏历四月十六日，享年65岁 。
历史上真实的刘基并非神仙，不过按今天的头衔，可算是哲学家、谋略家、文学家、军事理论家、易学家、天文学家等，其著述也广泛涉及到了这些方面，“所为文章，气昌而奇，与宋濂并为一代之宗 。”（《明史点·列传十六》），其《郁离子》想象诡异，寓意深远，有如《庄子》，《百战奇略》更是兵书宝典（后人对是否伯温所作尚有争议），天文历数方面有《天文秘略》，卜筮方面有《观象玩占》传世，此外还著有历书《玉洞金书》一卷，《注灵棋经》二卷，《解皇极经世稽览图》十八卷 。颇为奇特的是，和羽扇纶巾、谈笑自若的传统学士名臣儒雅潇洒的形象不同，刘伯温身着布衣，威猛刚烈，“虬髯，貌修伟，慷慨有大节，论天下安危，义形于色 。”全然一副梁山好汉的模样 。
按运筹帷帷的功绩，刘伯温理当入公，但最初封公的六人为李善长、徐达、常茂、李文忠、冯胜和邓愈 。这些人除常遇春之子常茂是追封外，其他都是最早追随朱元璋出生入死，征战疆场的“哥们”，尽管朱元璋对刘伯温“每恭己以听，常呼为老先生而不名，曰：‘吾子房也 。’”（《明史列传16》），但那是有所请教，是一种姿态而已 。可能是出于一种自卑和自大混和的心理，身为文盲老粗的朱元璋对文化人有一种内心的反感，尽管刘基以及陶安、秦从龙、朱升、范常等文人对朱元璋平定天下起的重要作用丝毫不亚于厮杀战场的武将 。当然，补偿还是有的，为安抚刘伯温，朱元璋下令青田不加赋税，“令伯温乡里世世为美谈也 。”后来又“累欲进基爵，基固辞不受 。”（《明史·列传十六》）
刘伯温虽才华盖世，胸有韬略，并非政治家 。是性情中人，不会为逃避乱世纷争，躲起来一门心思做个人研究 。而且他心地至诚，性格正直刚烈，嫉恶如仇，天下太平之后，也根本不适合混迹于官场 。洪武三年，朱元璋欲任命他为丞相，刘伯温的回答是：“臣疾恶太甚，又不耐繁剧，为之且孤上恩 。天下何患无才，惟明主悉心求之 。”可惜，一入侯门深如海，已没有了退出的余地了 。
即帝位后的朱元璋，心态开始发生变化，“非我族类 。其心必异”这是所有帝王的一贯思维，只不过在朱元璋那儿更变本加厉，更刻薄寡情 。本来第一个要收拾的是独揽大权的丞相李善长，因为李嫉恨刘伯温，朱元璋就选择刘伯温充当杀手 。“太祖以事责丞相李善长，基言：‘善长勋旧，能调和诸将 。’太祖曰：“是数欲害君，君乃为之地耶？吾行相君矣 。”基顿首曰：“是如易柱，须得大木 。若束小木为之，且立覆 。”（《明史列传16》）尽管刘伯温说得都是大道理，不过他心里应该明白，让他出来收拾李善长，既是利用，也是试探他的忠诚度 。他一旦受命或可减轻朱元璋的猜疑，然而，唇亡则齿寒，此例一开，以后朱元璋对待开国功臣元老就会换另外一副面孔，此等不义之举，按刘伯温的个性是绝不可为的 。正因为如此，第二年他就请退，告老还乡了 。
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