（2）协助朱元璋制订“征讨大计” 。朱元璋起于淮右，渡江后，势力发展较快，但仍只局限于浙江一带，且东有张士诚，西有陈友谅，均为劲敌，稍有不慎，就有败亡之危 。当时许多人认为张士诚据有苏湖富饶地区，宜先攻取 。但刘基认为“士诚自守虏，不足虑；友谅劫主协下，名号不正，地据上流，其心无日忘我，宜先图之 。陈氏灭，张氏势孤，一举可定 。然后北向中原，王业可成也 。”朱元璋采用了这战略决策，遂成帝业 。
（3）在重大战役中，或运筹帷幄，或亲临前线指挥战斗 。刘基因谙韬略，通天文地理，故往往“遇急难，勇气奋发，计划立定，人莫能测” 。如公元1360年，陈友谅率精兵三十万，战舰五千只，攻下太平，进驻采石矶，直逼金陵，势甚器张 。当时朱元璋驻金附守兵仅十万余 。由于双方力量对悬殊大，朱元璋军中文武大臣乱成一团：有的主张投降；有的主张放弃应天，保存实力再作计较；有的主张出击，一决雌雄……独刘基一人张目不言，朱元璋就把他请到自己的卧室，征求意见 。刘基说：“主张投降和逃跑者，应杀头治罪，因他们不看大好形势，散布失败情绪 。事实上，陈友谅自以为兵强势众，又打了几次胜仗，更是志得意满，目空一切 。我们就利用他的骄傲情绪，设下埋伏，使计诱其深入，一鼓可破 。”朱元璋听了刘基这番独见后，乃定征伐之计 。刘基勇气奋发，计划立就：首先遣人诈降，使康茂才诱陈友谅夜来劫城，并约定陈友谅至江东木桥边呼“老康”为联络信号 。陈友谅不知是计，结果点精兵三十万，行至江东桥边，并无木桥，是座铁桥，使人呼“老康”，又无人答应 。正在疑惑间，又突遇暴雨，四下伏兵齐出击，陈友谅鼠窜狼奔，败退至江边 。谁知原有渡江用的战舰，刘基以计尽将拘掠，仅留破般三百只于江边 。陈友谅败军争先逃渡，行至江中，又突闻火炮声，破船连人沉没一半多 。结果全歼陈友谅主力军，挫败陈的锐气，乘胜收复太平，攻下安庆、信州、兖州 。陈友谅只得带领剩余的伤卒败将仓惶地逃回汉阳 。
三年后（1363年7月），陈友谅重整旗鼓，号称百万，再度与朱元璋在鄱阳湖中作生死存亡的大决战 。在这胜负的关键时刻，刘基始终和朱元璋在一条船上参与军机，运筹帷幄 。一次，他忽然发现水鸟惊飞，刘基预知这是陈友谅的船队集中力量向朱元璋的指挥船开火，在这千钧一发之际，他立即拉起朱元璋转到另一条船上，当他们还未坐定，原来那条船已被陈友谅火炮打得粉碎 。当时陈看到朱元璋的指挥船已被打沉，大喜过望 。不料朱元璋仍在指挥战斗，士兵越战越勇，最后大败陈友谅，陈也在这次水战中败死 。这次战争是我国历史上以少胜多，以弱胜强的战例，历史上称为鄱阳湖之战 。
（4）洪武开国之前，1366年受命卜地拓建南京城；1367年授太史令，上戍申大统历，并与李善长、杨宪、傅献、陶安等一起定律令 。平定张士诚后，有张昶者使人上书称颂功德，劝朱元璋及时行乐，刘基当即指出：“是欲为赵高也 。”及时提醒朱元璋“居安思危” 。
（5）洪武开国以后，刘基奏立《军卫法》，提出“宽以待民与严惩贪吏”的主张，肃纲纪，整吏治，严惩贪枉 。如中书省都事李彬坐贪纵罪，虽丞相李善长出面替其义子说情，刘基仍将李彬奏斩 。刘基还谏止营建东都，提醒朱元璋不要轻敌 。奏曰：“凤阳虽帝乡，非建都地也；王保保<扩郭铁机>未可轻也 。”
（6）六十一岁告老还乡，劝朱元璋“霜雪之后，必有阳春，今国威已立，宜少济以宽大 。”临终前遗嘱次子仲璟，待胡惟庸败后上奏朱元璋：“夫为政宽猛如循环，当今之务在修德省刑，祈天永命，诸形胜要害之地，宜与京师声势联络 。”
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