1040年，神圣罗马帝国的疆域(红色区域)，这被看作是罗马帝国在欧洲的复兴(图中蓝色区域为拜占庭帝国) 。
虽然此时的罗马皇帝早已不是罗马人，但由于教皇的授冕权力，罗马帝国的称号一次次死而复生 。
然而，此后神圣罗马帝国的皇位继承实行选举制，其皇帝由各组成国选举产生，罗马教皇不再为皇帝加冕，教皇国和神圣罗马帝国的矛盾逐渐凸显 。而教皇作为天主教会的领袖，又是教皇国的君主，已经成为能和世俗君主抗衡的势力，甚至可以影响世俗君主的废立和王室婚姻 。
1077年，神圣罗马帝国皇帝与罗马教皇在主教的任免权上发生冲突，由此引发的「卡诺莎之行」是这场冲突的高潮 。
卡诺莎之行，神圣罗马帝国皇帝亨利四世在主教任免权上与教皇发生冲突，教皇利用自己的宗教权力拒绝承认亨利的王位 。亨利四世最终示弱，在一月冒着风雪严寒，翻越阿尔卑斯山前往意大利北部的卡诺莎城堡，向教皇「忏悔罪过」，亨利在门外等待三天三夜后，教皇才对其表示原谅 。
尽管教皇的宗教权力很大，但在接下来的两百年里，意大利中部和北部的城市先后获得自治权，教皇国的领土范围再次缩小到了丕平时代 。
1278年，神圣罗马帝国皇帝鲁道夫一世(Rudolf I)，这位没有经过教皇加冕，在教皇眼中只能算是「罗马人的国王」的皇帝承认了教皇国的独立 。这虽然可以让教皇国更好地维护现实利益，但也意味着神圣罗马帝国与古典罗马帝国脱离了继承关系 。
教皇国与古典罗马帝国的羁绊，终于告一段落 。
1288年教皇国的势力范围(浅红色区域)，蓝色为拜占庭帝国
到了中世纪末期，随着文艺复兴的思想解放与宗教改革运动，教皇的势力渐弱，罗马天主教会在西欧各地遭到冲击 。比如英格兰国王亨利八世就在1533年宣布，英格兰的教会不再听命于罗马教皇，由国王兼任教会的最高领袖 。
此后，罗马教皇无论是宗教上还是世俗上的特权都逐渐收缩 。
法国经历了宗教改革和启蒙运动之后，于1789年爆发法国大革命，法国政府取消了罗马教会在法国的特权，并没收了教皇在法国的领地 。随后，拿破仑军队的铁蹄横扫欧洲，教皇遭软禁，教皇国一度灭亡 。
值得一提的是，拿破仑称帝的时候，为了显示自己的合法性，他同样请来教皇庇护七世(Pius PP. VII)为自己加冕 。然而到了真正加冕的时候，他却从教皇手中夺过王冠，自己给自己戴上 。这一举动无非昭告世人：这个王位并非神授，是自己给自己夺来的 。
显然，教皇为世俗君主加冕的宗教权力已经遭到挑战，君权神授的观念，以及教皇作为「上帝代言人」的身份都在现代民族国家建立的进程中失语 。
大厦将倾 。
1815年拿破仑战争后，欧洲各国召开的维也纳会议宣布重建教皇国(绿色区域)
就在整个欧洲迎来建立民族国家的风潮时，意大利也渴望着统一 。然而，教皇国的存在，始终像盘踞在意大利地区中使它无法统一的大石头 。
1848年以后，意大利统一运动兴起 。位于意大利边缘地区的撒丁王国凭借发达的经济和开明的君主立宪政体，迅速统一了意大利 。
1861年，撒丁王国改称意大利王国，这时教皇国三分之二的领土及四分之三的人口都已经落入意大利王国手里，仅剩下罗马一城，教皇国还是依靠着法国军队的保护才得以维持这片地区 。
1866年教皇国的领土(浅蓝色区域)
1870年，普法战争爆发，法国自身难保，紧急调离了驻扎在教皇国的军队来保卫本土 。这使得意大利王国军轻松地打败残余的教皇军队，包围罗马城 。
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