这种局面便形成了著名的「罗马问题」——新生的意大利王国该如何从法律层面上，去明确教皇的地位和教皇国的领土归属 。因为无论是意大利王国还是教皇，都认为罗马应归属于自己 。
意大利王国曾向教皇提出进驻罗马，条件是它来当教皇国的保护国，但被拒绝 。不过即便拒绝也没用，教皇国只有一支保护教皇个人安全的禁军，根本挡不住意大利军队 。
在这场意大利民族统一战争中，罗马城被意大利吞并，教皇被逼进了罗马城西北角高地的内陆城邦梵蒂冈 。
直到这时，教皇依然不肯低头 。哪怕教皇国已经实质上灭亡，只能居于梵蒂冈这片弹丸之地，教皇也一定要保住这里的主权 。
理由很好理解，一个拥有自身主权的梵蒂冈的存在，是「圣座」独立于任何世俗政权的前提，只有它是一个有独立主权的国家，才能保证「圣座」无需听命于任何世俗权威 。
因此，意大利与梵蒂冈双方互不承认，教皇对外宣布自己是「梵蒂冈之囚」，以表达对意大利强行吞并教皇国的抗议 。
到了1929年，经历了第一次世界大战，意大利统一也近70年，双方的敌视已经失去意义，于是决定各退一步 。梵蒂冈承认意大利的合法性，意大利也承认梵蒂冈是一个主权国家，其主权属于教皇 。
2月11日，双方签订《拉特兰条约》(Patti Lateranensi)，规定从同年7月起成为独立的城市国家，国名全称为梵蒂冈城国 。教皇也因此成为「梵蒂冈城国国家元首」，而梵蒂冈就拥有主权国家和宗座属国的双重身份 。
《拉特兰条约》签署现场，教皇代表是红衣主教皮耶特罗·加斯帕里，意大利政府代表是后来二战时期的独裁者贝尼托·墨索里尼，今年是《拉特兰条约》签署90周年 。
古典罗马帝国灭亡之后，位于罗马的天主教会和教皇一直在寻求新的庇护 。教皇国领土的演变，其实是宗教面孔下对世俗政治利益的诉求反映 。然而，在500年以来的世界现代化进程中，教皇国的土地和利益一再被侵蚀，宗教神学的浓雾散去之后，西欧出现的是一个个生机勃勃的现代民族国家 。
可是，梵蒂冈作为教皇国的延续，它在今天仍是全世界数十亿天主教徒的朝圣之地 。宗教从历史的大变革中退场，但它并没有隐匿，而是退回到了人们的内心，作为道德和信仰的支撑 。
前任教皇本笃十六世(Benedictus XVI)在2009年梵蒂冈立国80周年时，曾说梵蒂冈「领土极微」，但「使命奇伟」 。此言印证了罗马教会和教皇国的千年变幻，在今天依然如此 。
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