为证明《书目答问》以《郘亭书目》为蓝本，下面从《书目答问》中抽取史部载记类，与《郘亭书目》作一对比：
从列表可以看出，以上十三种书，《郘亭书目》与《书目答问》互异之处有五（皆以黑体字标出） 。其中，《西夏书事》一种，《书目答问》未标明卷数，说明作者并未见过此书，只是有所耳闻 。而且，当时尊经书院的师生也没见过这本书 。例如，光绪五年八月七日，王闿运就因此书而与尊经院生有过一场争论：“谢生树楠呈友松《西夏事略》，廖季平云张孝达见一种，杨生鳣塘云或即此书也 。孝达注云‘时人作’，非前代成书明矣 。”可见，由于《书目答问》语焉不详，竟有尊经院生将开县陈昆的《西夏事略》误认为是吴广成的《西夏书事》 。《江南野史》一种，《郘亭书目》所列四库依抄本、淡生堂馀苑本非普通读书人所能见，故《书目答问》易之以常见的续百川本、函海本 。马令《南唐书》一种，《书目答问》仅多添“江西翻本恶”一句，为《郘亭书目》所无，恐怕是版本太劣，莫友芝没有著录 。因此，《书目答问》比《郘亭书目》多列出版本的仅有《邺中记》《九国志》两种 。
假如上述列表尚不足以证明《郘亭书目》与《书目答问》之间的关系，那么，试再举一例 。陈垣先生《艺风年谱和书目和问》引到光绪九年（1883）陆心源致潘祖荫的信札 。
张中丞所刊《书目答问》，世颇风行 。如《考古续图》，流传绝少，惟天禄琳琅及叶氏平安馆有其书，《答问》列之通行；朱石君《知足斋文集》乃散行，而列之骈体；毛岳生、吴仲伦、刘孟涂、管异之，称姚门四杰，而独遗毛氏，亦百密之一疏也 。
陆心源信上指出的三处硬伤，第一处错得匪夷所思，《郘亭书目》准确著录了此书的作者、卷数和版本，而《书目答问》不仅将罕见的《考古续图》注为通行本，而且将《考古图》作者吕大临误作吕大防，将“《释文》一卷”误作“《释音》五卷”，这些是照抄《四库全书简明目录》都不会犯的错误 。何以至此，令人费解 。剩下两处硬伤均涉及“修四库时所未有进十之三四”的内容 。按张之洞的说法，《书目答问》中有十之三四的书是《四库全书》未著录的 。陆心源所举朱珪《知足斋文集》、毛岳生《休复居诗文集》、吴德旋（仲伦）《初月楼文钞》、刘开（孟涂）《刘孟涂集》、管同（异之）《因寄轩文集》这五种书都在《四库全书》未著录之列 。由于《郘亭书目》基本上只著录《四库全书》已收书的版本，故没有著录上述五种书 。因此，《书目答问》在编撰时就失去了征引的凭据，频频出错 。著录朱珪《知足斋文集》，既不知其卷数，又不知集中所收全是散文，没有骈文，列入“国朝骈体文家集”，闹了笑话 。著录“国朝桐城派古文家集”时，“姚门四杰”遗漏了毛岳生的《休复居诗文集》 。剩下的三杰，除刘开的《刘孟涂集》著录正确外，吴德旋《初月楼文钞》误作《初月楼集》，并且标不出卷数 。管同《因寄轩文集》误作《管异之文集》，也标不出卷数 。
正是由于《郘亭书目》的上述不足，导致张之洞在编撰《书目答问》时遇到很大麻烦 。据缪荃孙回忆，张之洞编《书目答问》时，他随同助理 。有一次，张向他提起邵懿辰的《四库简明目录标注》，说此书“当时惜未传录，否则出诸箧中，按图索骥，数日事耳，不似如今考及两月，尚未惬心贵当也 。”为什么说如果用《四库简明目录标注》按图索骥，不过“数日事耳”，而“如今考及两月，尚未惬心贵当”呢？因为《四库简明目录标注》增入了大量《四库全书》未收的书，可省不少事 。而《郘亭书目》没有收这些书，要增补这些“修四库时所未有进十之三四”的内容（近1000种书），要花费很大一番工夫 。
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