辣椒根系不发达，苗期基本上是两列侧根，根条数也较少，而且根系受伤后恢复能力也较差，护根栽培突出重要 。因此，育壮苗应抓住护根育苗技术 。再者，辣椒苗生长慢、育苗期长，注意防低温防病才能育出壮苗 。
【护根育壮苗是棚室辣椒成功栽培的关键】辣椒的育苗床土和播种方法与茄子、番茄相同 。辣椒浸种前也适于用l0%的磷酸三钠浸种消毒15-20分钟，能有效预防病毒病 。消毒后用20 - 30℃清水浸泡10分钟后漂出瘪种子，继续浸8-10小时，出水后晾干浮水，可在28 -30℃下催芽，但以每天16小时30℃、8小时20℃变温催芽效果好 。播种至出苗要求较高土温，以20℃以上土温有利出苗 。
为了少损伤根系应尽早分苗，当子叶展平又充分变绿时就分苗，而且一次分苗育成苗 。用上口直径10厘米以上的大钵盛床土分苗，每钵移栽一棵苗，有利发根壮秧 。
分苗前浇透育苗盘，带湿土起苗、栽苗，尽量少伤根 。分苗后把苗钵摆在高畦、架床、马粪温床或电热温床上，保持地温18℃以上，苗钵上面遮盖地膜保温保湿，创造温暖湿润的苗床条件，促进发根缓苗 。但要注意地膜不能盖严，四周要通气，防止因中午高温烤伤秧苗 。缓苗成活后喷缓苗水，苗床在晴天白天气温要求为25 - 30℃，夜间15 - 16℃，促进发根长苗 。幼苗顶膜生长到3-4片真叶时掀掉地膜 。
辣椒苗喜较湿润的土壤和空气条件，又不像番茄那样易徒长，幼苗生长过程中应常浇水，保持钵内床土湿润，又能增加一些空气湿度，根系发育快，地上茎叶生长也较快 。辣椒苗比番茄苗喜肥，幼苗展出5-6片真叶时一般应当追肥 。以喷施叶肥为宜，因用固体化肥按钵施人不易掌握施用量，易造成肥烧 。一般每隔5天左右喷一次叶肥，连续多次喷施，以保持秧苗从下至上各片大叶都是正绿色为准 。
辣椒叶片比番茄和茄子小，相互遮荫较晚，5-6片真叶时排稀即可 。辣椒苗5片真叶以后生长加快，有徒长的可能，光排稀不行，应当把夜间气温降到13℃左右 。大、中棚定植前一星期左右不浇水，逐渐降低苗床夜温，进行秧苗锻炼，增强幼苗对低温的适应能力，但应保持在8℃以上 。秧苗长到11 - 12片真叶并现蕾定植到棚室中，大、中棚栽培的育苗期为80-90天，日光温室栽培的育苗期为100天以上 。
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