检查组查明，S公司外商客户的实际联系人为六安某羽毛羽绒销售有限公司 。其业务员与外商谈好货物品名、价格、数量、运输费用、结算方式，签订外销合同（真合同）后，将合同通过邮箱传给六安某羽毛羽绒销售有限公司负责人吕某 。之后，吕某制作假合同（修改真合同中的货物品名、抬高货物单价、金额等）和假报关单，把假报关单发给S公司，用于S公司申报退税，同时将此报关单送给报关公司，用于代理出口 。2012年11月2017年11月，S公司以此方式骗取出口退税3500万元，同时利用虚假单证到税务机关申报免抵退税，对申报退税的相关单证未作备案留存，涉及税款2900万元 。
在S公司的进项税额中，农产品收购占80%以上 。2012年1月2017年11月，该公司共开具用于抵扣进项税金的增值税普通发票金额为13.18亿元，抵扣进项税金1.71亿元 。其中，S公司虚开用于抵扣进项税金的增值税普通发票43595份，金额9.3亿元，税额1.21亿元 。另外，自2017年1月1日至案发，该公司取得虚开进项增值税专用发票112份，金额1100万元，税额200万元，价税合计1300万元 。
该公司还在没有真实货物交易的情况下，以收取开票费的形式，经由公司董事长潘某国、总经理潘某武等人，向福建、江西、浙江、江苏等地27家企业虚开增值税专用发票313份，金额合计1.91亿元，税额合计3200万元，价税合计2.23亿元 。
2018年11月29日，该案被检察机关提起公诉，法院近日已开始审理此案 。
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