1、缴存强制性区别：
住房公积金的缴存是强制的，用人单位有义务为在职职工建立住房公积金，为其办理住房公积金缴存手续，并且依法按时足额缴存住房公积金 。而补充住房公积金的缴存是自愿的，不具备强制性 。
【补充公积金和公积金的区别】2、缴存范围区别：
补充住房公积金的缴存范围在住房公积金缴存范围的基础上增加了限制，规定只有足额缴纳税款的企业和自收自支的事业单位及其所属职工，可以参加补充住房公积金 。
3、缴存比例区别：
根据规定住房公积金的缴存比例，不得低于5%，不得高于12% 。补充住房公积金的缴存比例，通常职工个人和单位的存缴比例分别不小于1%、不大于9%，各地可以结合当地经济、社会发展情况统筹兼顾各方承受能力，自行确定补充公积金制度及其缴存比例 。
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