解码基因编辑
演艺界宋仲基宋慧乔的分手让人直呼:只愿曾经未相遇 。 而生物界的相遇却往往让人感慨:相见恨晚——张锋,一位“八零后”科学家,因发明最有效的基因编辑方法成名 。
芭芭拉·麦克林托克,很多人并不熟悉,但她所在的冷泉港实验室被认为是思想最活跃的科研圣地 。 芭芭拉是上个世纪的“零零后”(1902年出生),在她的年代,人们认为基因是“牢固锚定”的,但她却要证明基因是能够“跳动”的,她的系统性研究和对科学的坚持,最终打破了人们保守的观念,并因此获得1983年的诺贝尔奖 。
两位科学家跨越百年的研究成果终于“相遇” 。 《科学》和《自然》近日接连发文介绍了两种新型CRISPR技术,均是通过利用“跳跃基因”的性质改进CRISPR技术的靶向准确性 。
都能编辑基因,“单身”时它们这样工作
CRISPR/Cas9技术是CRISPR技术的全称,前面的“CRISPR”是“制导靶标”,后面的Cas9才是真正的“剪刀” 。
在基因的世界里,“制导”一定是依赖碱基序列的,对于CRISPR来说,它只认定一种序列那就是成簇、规律间隔、短回文、重复序列 。 通过向导RNA识别符合要求的序列,引来Cas9蛋白对序列进行切割 。
切割过程有着小视频的动态特点 。 Cas9蛋白先与向导RNA形成复合体,Cas9蛋白会发生构象上的变化,就像一张白纸卷成一个“筒状”,更容易让DNA进出 。 这个柔软的复合体会在DNA里四处碰撞,如果识别错误,“红灯亮”,复合体就离开,继续下一次碰撞;如果识别正确,“绿灯亮”,开始剪切编辑的尝试 。
Cas9蛋白开始“动剪刀”前,还需要再校验,它把双链DNA解旋,利用RNA-DNA碱基互补配对原则,进一步核对序列与RNA的互补情况 。 如果出现较多错配,则序列识别过程终止,从而确保Cas9在正确的目标处发挥作用 。 如果完成识别,那么Cas9进一步被激活,开动剪刀 。
跳跃基因则完全不同,它不受约束,“痛恨”一切教条,与CRISPR“重复”“短回文”等教条的属性似乎完全不在一个“频道” 。 它可以从自己的位置上“自由出走”,单独复制或断裂下来,并为自己“编制”一个环状船,四处“游走”,遇到合适的地方,再插入另一位点 。
芭芭拉发现它是因为它所引发的玉米形状的随意变化 。 她在印度彩色玉米中观察到,籽粒和叶片往往存在着许多色斑 。 色斑的大小、出现的早晚不定,这些变化,受到某些不稳定基因或“异变基因”之间相互调控的控制 。
跳跃基因堪称“自由主义者”的典范,人们至今难以把握什么能激活它的跳跃 。 但大名鼎鼎的LINE1是一种主要的跳跃基因,《细胞》子刊刊载科学家“抓住了它的尾巴”,只有在POLY-A(多聚A)“尾巴”存在的情况下,LINE1才会启动跳跃,没有“尾巴”跳跃基因就会失活 。 此外,转座酶是启动转座的关键性因子,目前,人们已经掌握了通过转座酶引导和控制跳跃基因的一些方法 。
一对天然“CP”,双方何以“互补”
CRISPR/Cas9基因编辑技术,现阶段面临着精确修复比例低、识别序列受限、脱靶现象等问题 。 根据基因“魔剪”的工作机理,可以看出单独的“制导定位”、解链剪切、互补修复理论上都是行得通的 。
问题出在外来的干预和影响,势必会遭受系统本身的校正 。 “只要向导RNA设计得当、定位准确,精准删除相应的DNA片段并不难 。 ”相关专家表示,但在替换过程中,会激活体内的DNA修复系统,这套修复系统有着较高的容错能力,有可能变成可以耐受DNA损伤的问题基因 。
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