他亲政后，计除悍臣鳌拜，恢复内阁制度，并下令为那些被鳌拜杀害的诸王大臣平反昭雪，还立即叫停了极不得人心的圈地恶政 。同时他一改满清歧视汉人的积弊 ，实行满汉官员同一品级，以攫拔能力出众的汉官，并激发他们的积极性 。同时，他也开始为政令畅通无阻、减轻朝廷沉重的财政负担而开始考虑撤藩 。这时福建的耿仲明和广东的尚可喜加起来大约有十几万人马，而云贵的吴三桂麾下兵力则有二十万左右，三藩养军的费用由朝廷出，每年所需的军饷是一笔庞大的数字 。
仅从财政上看，朝廷已不堪重负 。此时恰好平南王尚可喜因为儿子尚之信不孝，与儿子关系紧张，主动上书请求康熙撤销他的藩封，恩准他解甲归田，回辽东故里养老 。此举正中康熙下怀，他立即批准了尚可喜的奏请 。尚可喜被撤除平南王藩封，给平西王吴三桂和靖南王耿精忠（其父耿仲明已死，由他袭爵）出了个大大的难题 。两人迫不得已，只好上奏自请撤藩，其实两人内心万般不甘，主动请辞也属言不由衷 。
吴三桂为清廷入主中原立下汗马功劳 。他兵强马壮，权倾朝野，云贵两省犹如吴家禁脔，是不折不扣的独立王国 。原先南明永历帝在昆明五华山修筑的旧皇宫，已被修葺一新，成了平西王府，而且不断大兴土木，扩建增修 。明国公沐天波的七万亩田庄，也被吴三桂霸占 。吴三桂嗜色如命，生性风流，除大老婆张氏、宠妾陈圆圆外，还有四面观音、八面观音等妾室若干，他还派人在两省大张旗鼓的采买秀女，后宫佳丽不下千人，俨然已是一代帝王 。
吴三桂手下有吴应麒、夏国相、胡国柱、马宝、吴国贵、王屏藩等百名悍将，精兵二十万，多年搜括、聚敛的财富堆积如山 。他怎肯舍弃眼前这浴血打拼而博取的荣华富贵与烜赫权势呢，回辽东老家做个无职无权的退休老头呢？因此，他上疏请辞只是做做样子，顺便试探下康熙帝的底线，他狂妄地认为，朝廷不敢真的撤除自己的藩封，小皇帝立足未稳且见识不多，当年跟随多尔衮入关横扫群雄的骁将基本已经凋零殆尽，环顾朝廷上下，还有谁可与我平西王的二十万铁血雄师对抗、较量？吴三桂高估了自己，小瞧了少年天子康熙的能量 。
康熙经过一番深思熟虑，最后做出决策：“藩镇久握重兵，犹如人体养痈，若不及早除去，何以善后”？于是他顺坡下驴，正式下诏撤藩 。吴三桂见弄假成真，怎肯失去既得利益，便于康熙十二年（1673年）十一月二十一日，于闹市中将云南巡抚朱国治斩杀，自称大明天下都招讨兵马大元帅，并蓄发易服，恢复明朝衣冠，军旗皆用白色，声称奉明思宗崇祯帝三太子于军中，竖起为明复仇的大旗，并发布檄文，号召天下，共举义旗，共击满清 。
【砷化镓届的台积电,稳懋】 吴三桂率先举兵叛乱，尚之信、耿精忠等闻风相继起兵响应，这场规模浩大的战争共打了九年，史称“三藩之乱” 。战事初起时，吴三桂抢得先机，他以云贵为其大后方，派麾下猛将王藩屏由贵州攻四川，吴军主力则倾巢而出，由贵州攻取湖南，一路势如破竹，接连攻克了许多重镇 。吴军攻势凶猛，清军将领有的弃城而逃，有的畏惧不敢出战，有的干脆投降，短短半年间，云、贵、川、湘、桂五省全被三桂占据，加上福建也宣布叛清，眼看南方大部都要被叛军的铁蹄践踏了 。
康熙震惊之余，急忙调兵遣将南下镇压 。吴、清双方大军对峙于荆州、襄阳、武昌、宜昌一线 。清将畏惧吴军兵威，不敢渡长江发起主动进攻，只是据险自守 。此时，有幕僚向吴三桂建议，应该乘势挥军渡江，全力进击那些互不统属、互不联系、各自据城自守一地的清军，必能直捣帝都，大获全胜 。还有明白人建议他率大军东下，取金陵（南京），掌控运河，截断漕运，断绝清军粮饷，进可攻，退可守，掌握战争主动权，再相机全取天下，恢复汉家江山 。
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