但是，随着多尔衮和多铎的出生和成长，阿济格在努尔哈赤新的地位和受到宠爱，也逐渐被取代 。最为显著的表现就是，在努尔哈赤晚年对于八旗的重新调整分配上，努尔哈赤将自己统领的正黄旗和镶黄旗共65个牛录中的45个，平均分给了兄弟三人，每人15个牛录 。与此同时，努尔哈赤还宣布，阿济格为镶黄旗旗主；多铎为正黄旗旗主，并且在努尔哈赤死后，继承努尔哈赤留在身边的20个牛录的亲兵；多尔衮则会被另赐镶白旗的15个牛录 。
如果按照努尔哈赤的计划，在他死后，多铎将统领正黄旗35个牛录，多尔衮将统领镶白旗30个牛录，而阿济格只有镶黄旗的15个牛录 。由此足可见努尔哈赤对于多尔衮和多铎两人的宠爱，而之所以由这场的差别对待，还是因为此时的阿济格常年跟随阿敏、莽古尔泰等人征战在外，早已是同其二人一样的赳赳武夫，有勇无谋，也让努尔哈赤认为其失去了培养价值，才会如此 。
而皇太极登基后金大汗后，夺下了镶白旗的统领权，让多尔衮和阿济格两个人共领一旗，阿济格为旗主，之后“黄白对调”，多尔衮和阿济格正式开始共领镶白旗 。但是皇太极为了拉拢多尔衮，同时制造三兄弟之间的矛盾，于是借口阿济格未经请示擅自给多铎主持婚礼为由，免去了阿济格的旗主贝勒的职务，改由多尔衮担任镶白旗的旗主贝勒 。
至此，阿济格的权势、地位进一步被削弱，在皇太极在位期间，他的职务和地位始终被他的两个弟弟压制着 。特别是此时的多尔衮已经以“睿亲王”的名号，位列“四大亲王之一”，多铎也获得了亲王爵位后被将为了郡王，而阿济格始终都是郡王 。顺治时期的阿济格，可谓是“昏招”频现，最终为自己惹来杀身之祸 。崇德八年（1643年）皇太极去世，顺治皇帝福临登基 。
此时恰逢关内局势风云突变，李自成率领大顺农民军攻克北京，崇祯皇帝自缢，明朝灭亡，原明朝山海关守将吴三桂在与李自成交恶后，主动投降，引清兵入关，就此拉开了八旗铁骑挥师中原，一统天下的序幕 。而在这期间，阿济格南征北战，东征西讨，屡次击败李自成大军，更是连杀刘宗敏和宋献策等大顺政权的核心骨干力量，为清朝一统中原，定鼎天下立下了汗马功劳 。
也正是因为自觉功勋卓著，阿济格也想要进一步染指权势 。实际上，早在多尔衮与豪格争夺大清皇位之时，阿济格借故离开会场，暗中调兵，就险些使得两黄旗与两白旗发生火并，之时后来多尔衮和豪格各退一步，均对济尔哈朗支持福临的方案表示同意，这才避免了满洲统治阶级内部的一次打的纷争 。而在多尔衮专政时期，阿济格多次问多尔衮讨要封号和职务，特别是在顺治六年（1649年），多铎因为天花去世后，主动提出要接替多都做“叔王”，遭到了多尔衮严厉拒绝 。
在多尔衮看来，阿济格归根结底还是赳赳武夫一名，并不懂得怎样处理朝政和治理国家，况且，当年因为他们的母亲阿巴亥被逼自尽一事，多尔衮对阿济格一直心存怨念，那是阿济格已经是二十多岁的，但是没有为保护自己的母亲做出任何举措，这也让多尔衮对于他的这位哥哥的态度明显不如对待自己的弟弟多铎 。而在多尔衮死后，阿济格想通过武装夺权的方式，成为第二个多尔衮，但是最终的结局以失败告终，不仅被顺治皇帝赐以自己，同时宣布将其削宗夺爵，罢黜宗室 。
至此，多尔衮三兄弟皆受到了顺治皇帝的处罚 。多尔衮最悲惨，被“削爵、撤庙享、罢宗室、籍财产入宫”，还被顺治皇帝下令挖坟掘墓，挫骨扬灰；阿济格被开除了宗籍；多铎早已去世，但仍被降了爵位 。一代枭雄家族，也就此陨落 。乾隆四十三年（1778年），乾隆皇帝为多尔衮等人平反 。乾隆四十三年（1778年），距离多铎、多尔衮、阿济格去世已经一百多年了，此时当政的乾隆皇帝开始着手于对于清朝初年以及他的父亲雍正在位时期，被处以极刑的爱新觉罗家族的宗室成员们进行平反 。
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