辰山位列松郡九峰之一 ， 属于佘山山系 ， 海拔约70米 。据明代董其昌记载 ， 辰山“在诸山之东南 ， 次于辰位” ， 也以此得名 。20世纪由于采石 ， 山的南坡已被削去 。在植物园的设计中 ， 这一部分被改造成为矿坑花园 。
2010年4月 ， 园内已收集到植物约9000种 ， 其中最多的属华东地区的植物 ， 共有1500余种 。上海辰山植物园也由此成为拥有华东区系植物最多的植物园 。
2010年12月 ， 辰山植物园收集的珍稀濒危活植物（即国家一、二级保护植物）达到107种 ， 其中包括羊角槭、普陀鹅耳枥、夏蜡梅、伯乐树等品种 。这些植物中 ， 部分为野外仅存若干株的珍贵物种 ， 有的则具有极强观赏性 ， 还有不少是价值很高的药用植物和野生水果植物 。
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