这一时期，在秦瀚、秦梁相继成为第二任和第三任园主，凤谷行窝改成凤谷山庄 。父子二人，在园中开设“碧山吟社”，常与文人雅士饮酒作诗，当时诗文多以“凤谷山庄”称呼该园 。
第三任园主秦梁卒后，园子改属秦梁之侄、都察院右副都御使、湖广巡抚秦燿所有 。万历十九年（1591），秦燿因座师张居正被追论而罢黜 。
返回家乡无锡后，秦燿寄抑郁之情于山水之间，于万历二十年（1592），开始对家园进行全面改造 。他命人在园中疏浚池塘，改筑园居，历时七年造景二十余处，每景题诗一首 。
秦燿取王羲之《答许椽》诗：“取欢仁智乐，寄畅山水阴”句中的“寄畅”两字，将园命名为“寄畅园” 。园中新造二十余景，虽多有亭榭楼阁，但仍以水石花木的自然之景取胜 。
万历三十二年（1604），秦燿将家产分给子孙，园子被一再分割 。直至半个世纪之后，清顺治十四年（1657），秦燿曾孙秦德藻、秦松龄父子才将被分裂的寄畅园重新合并 。
秦德藻特请造园名家张南垣谋划，请其子张鉽负责构山叠石，在旧园格局基础之上，对园林山水与建筑进行一番大改造，引二泉之水，构筑了八音洞、七星桥、美人石等景点，使园子更具山林清旷的意境 。
这次由造园艺术家张涟、张鉽父子，大规模改造之后，全园焕然一新，园景更为完美，也最终奠定了寄畅园今日所见的整体山水布局和园林景观 。
清初浙西词派大家厉鹗，曾在其《满庭芳》一词中，对寄畅园景观赞道：“屋借峰图，径随泉改，过桥别是深情 。阑干十二，真在镜中行 。”
04帝王钟爱传佳话
要说真正使得寄畅园名声大振的人，当然非清朝的皇帝莫属了 。康熙、雍正、乾隆、嘉庆祖孙四代皇帝，都曾驻跸寄畅园，并多留有御笔墨宝 。
尤其是康熙、乾隆两帝，在康熙二十三年（1684）至乾隆四十九年（1784）的100年间，先后六下江南，分别七次驾临惠山，十四次游览寄畅园 。
1684年，康熙首次南巡过无锡，秦德藻次子秦松期接驾 。康熙帝游玩寄畅园后，大加赞赏，并挥毫写了“竹净梅芳”、“溪光山色”、“松风水月”等景题匾额 。
相比皇祖父康熙，乾隆皇帝更加钟爱寄畅园，他六次南巡其间，曾七游惠山，八巡秦园，并一再题诗，留下了“寄畅园”园门匾额和“玉戛金枞” 御书石匾额各一方 。
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