主线剧情编排或许是2077唯一没有超越巫师3的部分，但也算是各有擅长 。2077用了一种很罕见的主线结构，或许可以称为“叠加”式的设计：主线很短，但是如果你完成了足够的支线，就会有总共四条不同的新路线供你选择 。它不是巫师3那种传统的由几十个任务组成的长主线，不是传统西洋RPG那种设定了一个最终任务就让玩家四处撒欢的短主线，也不是新维加斯那种虽然主线理论上很短，但几乎所有支线都能影响它的任务网 。
从效果来说，这种结构似乎并不很讨巧：从游戏制作角度，实际上真正构成主线任务的长度并没有减少很多，但给玩家造成的心理感觉却更短了 。对于第一次看到“夜曲OP.55 N.1”这个最终任务的玩家来说，他大概率只会觉得剧情转折过快主线太短，而不会把朱迪、帕南、克里 罗格、瑞弗四条任务线二十多个任务都看作主线的一部分……可是，实际上所有这四条路线的推进都会对主线选项造成影响，在制作规格和复杂度上也都是按照主线设计的；但如果要把这些任务都看作任务网的一部分，它们对最终决战的影响又未免太小了 。
荒阪塔最终战斗的四个版本中，只有帕南一条路线能让人感觉到“聚集所有人，啊不，一部分V在荒野里认识的流浪汉的力量攻克荒坂塔”的感觉，剩下三条路线几乎和你这么多个小时的辛苦游戏完全无关——以我残躯化烈火的单挑荒阪塔路线尤其过分，明明是所有结局里完成度要求最高的一个，决战地图结构却最简单，可以说是完全浪费了关卡做了四种完全不同的荒坂塔地图的辛苦 。总体来看，叠加式的任务虽然试图做出比巫师3更自由的体验，实际上却并没有达到这个效果，可以说是个事倍功半的选择，还不如干脆缩回长主线来得划算 。
2077的支线任务一眼就能看出是从巫师3的设计升级而来的：巫师3里面的遍布全图的问号，被拆成了各种各样的黄色支线任务和蓝色遭遇任务，部分甚至连问号这个表现形式都没改 。从单个支线的平均质量和投入来说，2077远胜于巫师3，毕竟在巫师3里恨不得有三分之一的问号都是几个怪物守个箱子，或者直接在海下沉个箱子……更别说几乎所有的黄色支线关卡都是精心设计过的中型据点，堪称整个游戏里关卡质量最高的一部分，很多甚至比主线那些大型据点更好 。
单个支线的创意和叙事仍然不乏可圈可点之处：不起眼的暗杀任务背后隐藏着工会和公司的绝望斗争，从漩涡帮手中救下的佛教和尚会给你讲述他们反对义体的教义，最大胆的任务皆是恩旨甚至直接踩踏黄线挑战了那个使用十字架的著名宗教，“使用赛博洗脑后的虔诚信徒还是真正的信徒吗？”——而且这个任务居然拥有一个通过开场直接干掉委托目标来直接完成的分支！然而，可能是因为巫师3的问号没有组织玩家也并不在乎的缘故，2077的支线组织并没有试图做的更好 。
所有的蓝色支线都只有NCPD的一个短信提示，加上一两段看起来像被临时砍掉的野怪对话文本；超过一半以上的黄色支线用了巨大的工作量、关卡设计、分支、对话，但是却和主线毫无关系，只是作为V独狼佣兵生涯的一部分随意链接在某个中间人身上，这些优秀的关卡往往既无前序，也无铺垫，更没有角色塑造，除了极少的几个任务外几乎也都没有后续 。
从游戏设计角度，整个中间人系统都显得像是对GTA系列的粗暴模仿，这些完全没有塑造的角色却占用了至少50个支线任务的描述份额，甚至还有几十辆车等着卖给你，让人忍不住怀疑是不是有整个一条主线被砍掉了 。
赛博精神病支线尤其显得资源分配不当：波兰人明明做了整整17个有独立设计、单独叙事、造型和打法独特的赛博精神病BOSS，却就是把他们丢在地图上，做完以后也毫无收回伏笔的意图——要知道，整个主线加起来也只有6个还是7个有独立设计加上单独叙事的BOSS啊！这么大一块精心设计的内容就被当作随处可见的黄问号消费掉了，实在令人扼腕 。游戏在帮派、中间人方面使用了大量的资源，却没有对这些内容进行任何顶层设计，这些资源本来能将主线至少变得精彩一倍，也能够为世界观提供更多样的玩法和深度 。
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