菇棚消毒后 ， 把接过种的料袋搬运至菇棚内 ， 进行堆垛发菌 。堆垛的层次 ， 要因气温高低而定 ， 夏秋气温高时 ， 堆放2-4层 ， 料袋堆成“#”字形 ， 交叉排放 ， 便于散热 ， 并留出入行道；春冬气温低时 ， 菌床应铺上一层稻草或麦秸 ， 堆放10—12层 ， 上面再覆盖塑料薄膜或草帘保温 ， 以提高堆温 ， 促进菌丝生长 。
发菌管理的要点是：
一是保持温度 ， 定期在料袋间插温度计 ， 注意堆温变化 。发菌温度以25℃—30℃为好 ， 高于30℃时 ， 应及时散堆 ， 加大通风量 ， 防止高温烧坏菌丝 ， 温度低于20℃时 ， 应设法增温保温 。
二是通风换气：菇棚每天通风2—3次 ， 每次30分钟 ， 气温高时早晚通风 ， 气温低时中午通风 。
三是保持干燥 ， 菇棚内空气相对湿度以60％—70％为好 。
四是光线要暗 ， 弱光有利于菌丝生长 。
五是翻堆 。堆垛后每隔5—7天翻垛1次 ， 将下层料袋往上垛 ， 上层的往下垛 ， 里往外 ， 外往里垛 ， 使受温一致 ， 发菌整齐 。
六是通气补氧 。采用两头扎口封闭式发菌 ， 在发菌早期 ， 袋内含氧量可以满足菌丝生长的需要 ， 随着菌丝生长量增大 ， 袋内含氧量不足 ， 就会影响菌丝正常生长 。
当接种后10－15天 ， 袋两头菌丝各长进料内2－3厘米时 ， 可在菌丝生长线的后部1－2厘米处用大头针围绕菌袋等距离刺孔8－10个 ， 或用削尖的竹筷由袋口往里扎孔3－4个 ， 或将袋两头扎紧的绳稍加松开 ， 利用松绳后袋口薄膜的自然张力 ， 让新鲜空气进入袋内 ， 以通气补氧 ， 促进菌丝健壮生长 。
【平菇堆垛发菌技术要领】
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