风云再起版：是拳皇系列公认系统最平衡最完善的一代 ， 增加了隐藏人物 ， 生存模式和通关画面 。
COMBO版（简称C版）：是拳皇98系列中一款非常变态的版本 ， 也是人气很旺的一版 ， 加强了英雄连招的效果 ， 在原来的基础上增加了众多而又华丽的连击技能 ， 不管是在血量还是怒气等方面都比正常版本加强了许多 。
UM版：本作是系列平衡性最高的一作 ， 增加很多人物 ， 增加新系统、新模式、新背景、新音乐等大量新元素的一个全新版本 。
ECK降龙版：每个角色都增加了新的技能 ， 新增了黑暗大门、黑暗东丈、绿色的罗伯特 。其中绿色的罗伯特发升龙拳时会同时放出N个波 ， 这也是降龙版名字的由来吧 。
拳皇98风云再起
拳皇98UM版
拳皇99改版
风云再起版：可直接选择四大BOSS ， 加入了金家潘的师傅、火焰K、冰女等角色 。
AE版：优先必杀技的颜色 ， 闪避98经典的前后滚 ， 援助系统现在会消耗一个气界面也作了适当的美化 。
拳皇99风云再起
拳皇2000改版
风云再起版：可直接选择冰女和最后的BOSS ， 能量无限 。
OTC版：约战平台的版本 ， LOUSHI（K9999）作为援助太强 ， 其他的援助变弱 。
拳皇2000风云再起
拳皇2001改版
BOSS版：平衡性不错 ， 增加了很多BOSS ， 除了大蛇前代的BOSS都可选 。
卧虎藏龙版：增加了部分连招和必杀技 ， 把各个角色的造型都进行了修改 。
拳皇01BOSS版
拳皇2002改版
风云再起版：此版本优点无限能量、选择BOSS、出招优化、变小形象 ， 缺点画面和KOF2001一样劣质 。
天国神族版：可在系统允许的情况下自由换人 ， 八神可以变身为“伪狂爸” 。直接双键发动MAX.神族三大天王+Leona可战中指令自由切换里/表状态 。
拳皇02天国神族版
还有一个改版是拳皇十周年纪念版加强版：该改版是2004年官方为了纪念拳皇系列游戏诞生10周年而制作的特别版本 ， 这个版本以拳皇2002为基础强化和改进 ， 本作改善了游戏画面 ， 人物的招数还是和2002的一样 ， 而且加入了瞬间蓄气的功能 ， 还有几个特殊的BOSS角色也可以选择 。
【拳皇的各个版本 拳皇十周年加强版】 拳皇十周年纪念版加强版
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