一是考核项目逻辑架构存在交叉和重合 。例如，室间质控项目考核对于二级医院设置在医疗服务指标下（考核点12）,而对三级医院则设置在质量安全指标下（考核点13）；二级医院医疗质量指标板块下的医疗服务从定义上涵盖了服务流程、服务效果中的质量安全指标和满意度评价内容 。这在今后需进一步厘清并明确；
二是未列出的考核点不代表不考核 。例如，考核二级医院的“平均住院日”指标未在三级医院列出，但考核“日间手术占择期手术比例”时会强化医院关注日间手术开展后带来的平均住院日下降 。此外，二级医院考核了“重点监控高值医用耗材收入占比”，三级医院虽2019版暂未列入，但2020版作为增1指标纳入；
三是质量考核内容有待完善 。国家《三级综合医院医疗质量管理与控制指标（2011年版）》构建了医院质控7大类51小类指标，对比绩效考核中医疗质量指标板块内容可以发现，2020年公立医院绩效考核指标中缺乏患者安全类指标 。今后可考虑增加医疗不良事件（如住院压疮发生率、医源性意外刺伤或撕裂伤发生率、输血输液反应发生率等）患者安全类指标；
四是考核项目和实际管理有差别 。例如，针对单病种管理，国家自2009年开始此项工作，前后下发了3批11个病种111项质量控制指标，此次绩效考核的10个病种均为国家直接从住院病案首页中抓取，仅涉及病种例数、平均住院日、次均费用、病死率等质控指标，而对就诊环节指标尚未涉及 。从实际管理要求来看，每一单病种都有纳入和排除条件，实际考核中仅按ICD编码条件纳入，和实际单病种数量会有出入 。对此，国家虽已逐步推进此考核指标的配套管理，但如何使考核项目与实际管理完全吻合，有待进一步研究
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