长期使用杀菌力强的药物牙膏，不仅会使口腔中的致病菌产生抗药性，而且在抑制、杀灭致病菌的同时，也会抑制、杀灭口腔中的正常菌群，使口腔中的“生态平衡”遭到破坏，引起新的口腔疾病和新的感染 。
另外，有些药物牙膏中含有生物碱和刺激性强的物质，长期使用，不但损害口腔内娇嫩的粘膜，还会因长期不断的刺激，使牙龈、口腔、舌头等处发炎而引起牙龈炎、口腔炎、舌炎等；有过敏性喘咳的人会因药物牙膏的刺激性异味而发生喘咳和肠胃不适，有些药物牙膏还含染色素，长期使用会污染牙面，使牙齿失去光泽，影响牙齿美观 。
对于有口腔疾病的人来说，最好是含氟牙膏和药物牙膏换着使用，如对于既有龋齿又有牙周病的中老年患者，应挑选含氟产品和中草药产品早晚搭配使用为好 。对牙齿遇冷遇热较敏感的患者，最好选择抗牙本质过敏的防酸产品与一般的含氟产品配合使用 。
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