川崎也为引擎作了些许的调整，换上了同样来自京滨CVRD 40mm的化油器与重新设计的进气凸轮，这样的改变增加了引擎的压缩比，同时也让引擎的动力输出更加容易掌控 。而车架部分，ZX-9R拥有比以往更好的刚性，而摇臂轴与前后轮轴也因为给予更佳的刚性加大了其口径 。川崎更灵巧敏捷的前轮转向 。倒立式前叉为了减轻重量而缩短，而后中置避震的上底座经过重新设计，以安置座高调整器 。
052002 ZX-9R 144ps（原厂代号：ZX900F）
2002 ZX-9R 。
ZX-9R末代皇帝，同时也是台湾总代理唯一进口的ZX-9R 。视觉上来看与上一代差异不大，仅新设计的尾壳更符合当代仿赛的审美观，并移除了令人匪夷所思的后座扶手、用上了单片式的前土除、移除了以往的后视镜托架，整体看来简洁俐落许多 。
如同前几代，原厂代号为ZX900F的ZX-9R引擎部分也有少许的变更，换上了比以往重10%的曲轴结合较小尺寸的飞轮，以提升中低转速的扭力 。值得一提的是，原本出现在ZX900B/C上的京滨CVKD化油器又再次的回锅ZX-9R的动力系统 。而这次的改版，川崎又再次的强化了整车刚性，后摇臂予以加强，刚性提升20%、车架也一并强化、增加了拖曳距、降低前叉偏移量 。前刹也从原本的双对六卡钳换成来自Nissin的双对四活塞卡钳搭配320mm碟盘 。
062004 ZX-10R 175ps（原厂代号：ZX1000C）
2004 ZX-10R 。
忍者中的帝王终于正式进入了公升级的时代，整车从外观、引擎、车架，彻头彻尾的改变，外观上整车变得更纤瘦、更锐利，同时车头的受风面积也降低了；ram-air进气口也从双灯下方改至上方；双灯造型也变得更激进、更虎视眈眈好像要猎杀赛道上的竞争对手；尾灯为LED，简洁有力的设计让灯具与车尾合为一体 。
原厂代号为ZX1000C的忍者是个重要的里程碑，宣示这个仿赛旗舰车系正式进入电喷时代 。川崎赋予了ZX-10R全新排气量998c.c.的直列四缸水冷引擎，搭配43mm双阀门电子喷射系统，以达到更好的雾化效果与更线性、更易掌控的油门反应；重新设计的进排气门，提供汽缸在高速时更加的填充效率；用上了轻量化高强度的锻造活塞，拥有低往复惯性与高耐热性，可承受更高的压缩比12.5:1；全段排气管用上了钛合金材质，达成的轻量化目的，排气管的外壳则是使用铝合金材质作为保护，内置的排气管阀门能控制排气管回压，兼顾低转时的扭力与高转时的排气通畅；原厂将发电机缩小，但发电量却是向上提升 。综合以上巨幅的改变，搭配上ram-air最大马力可达184ps 。
源自自家MotoGP厂车ZX-RR的全铝合金压铸车架 。
川崎对于车架也给予不薄的待遇，源自自家MotoGP厂车ZX-RR的全铝合金压铸车架，是全车轻量化的功臣之一，川崎同时也收窄了车身与油箱后段的宽度，使骑士更容易夹持油箱；鹅颈与后摇臂轴的距离缩至最小，使车辆拥有紧致的操控感受；全新的铝合金鸥翼式后摇臂拥有更佳的刚性；车辆前端配备43mm倒立式前叉，具备全可调功能；ZX-10R首次用上了浪花碟盘，Tokico双辐射式对四卡钳搭配300mm碟盘 。干重170kg湿重196.5kg，在当时可说是傲视群雄，搭配184ps最大马力，惊人的重量比就算在2018年的今天不容小觑 。
其他配备方面，ZX-10R用上了LCD仪表板，丰富的车辆信息与防盗系统应有尽有；怠速控制系统让骑士更容易将车辆发动 。
072006 ZX-10R 175ps（原厂代号：ZX1000D）
2006 ZX-10R 。
由于公升级仿赛的竞争渐渐白热化，仅两年的时间，川崎便将ZX-10R以全新的面貌呈现在世人面前，原本凶恶的一体式双灯改为分离式的设计；排气系统改为双出尾排的设计，车尾视觉感受十分饱满；整流罩除了外观上有改变，在空气力学上也有所着墨，使风阻系数降低 。
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