首先，明确规定计算机程序的修改权，保护软件作品完整权 。网络信息技术和计算机程序紧密融合使得对计算机程序进行修改的方式或形式日益复杂，计算机程序的动态修改技术手段日益多样，软件正版化工作由此步履艰难 。云计算技术的发展更加催生了对计算机程序进行移除、增补、删节或者以改变指令、语句顺序外的其他方式或形式的动态修改行为，这些行为使软件作品的正常使用目的难以实现，损害了软件作品的完整权 。设置修改权，遏制计算机程序运行中的动态修改行为，已经成为软件正版化的重要制度基础 。《著作权法》的修订应当对修改权制度做出适当安排，以更好地体现立法的前瞻性，增强《著作权法》的适应性 。借鉴《伯尔尼公约》的有关规定，修改权可定义为，对计算机程序进行增补、删节，或者改变指令、语句顺序和其他变动的权利 。
其次，完善软件作品合法使用制度，为软件正版化构筑坚实的制度基础 。对计算机程序进行装载、显示、运行、传输或储存等复制行为是计算机程序广泛存在的使用行为，这些“功能性使用行为”属于著作权“复制行为”，规范这些行为是软件正版化的基础 。现行《著作权法》和《条例》对此明确不够，只有在民事司法解释中进行了有限说明，导致保护范围过窄 。《著作权法》修订中应当着力完善软件作品的功能性使用行为的限制制度 。一方面明确合法使用的范围：经权利人的许可，根据使用需要，可将计算机程序装入计算机等具有信息处理能力的装置内；可在计算机等具有信息处理能力的装置上对计算机程序进行装载、显示、运行、传输或储存等复制行为；为了学习和研究计算机程序内含的设计思想和原理，计算机程序复制件的合法所有者，通过安装、显示、传输或者存储等方式复制少量计算机程序，可不经过计算机程序著作权人许可，不向其支付报酬 。另一方面，要对合理使用行为进行必要的限制：未经权利人许可，计算机程序的合法使用者不仅有义务保证软件使用中不得向任何第三方提供必要修改后的程序，更不得向第三方提供任何方式和形式的修改程序的技术工具；合法使用者防止计算机程序损坏而制作备份复制件应当有明确的数量限制，且此备份复制件不得通过任何方式提供给他人使用，并在本人丧失合法授权时，负责将备份复制件销毁 。
再者，合理平衡善意第三人与软件著作权人之间的利益 。善意复制件使用人的继续使用是软件正版化推进中必须解决难题之一，相应的制度设置应当允许善意第三人的继续使用，同时应当尊重计算机程序著作权人的著作权 。对善意软件复制件使用人责任的规定过于宽松，将会导致软件著作权人合法权益受到侵害威胁 。善意复制件人一旦知道其使用的计算机程序侵权后，如为避免重大损失继续使用计算机程序的行为实际上是善意第三人和著作权人之间的契约行为，善意复制件人的继续使用应当由双方协商，取得著作权人的许可 。
【完善软件著作权保护的若干建议】 四、加大软件盗版打击力度，提高软件侵权成本
软件盗版屡屡发生的一个很重要原因在于软件侵权打击力度不够，盗版者的违法成本过低 。为此，应当加强软件著作权的执法，合理设置软件著作权侵权赔偿责任和刑事责任，遏制最终用户盗版侵权，对恶意侵权行为加大制裁力度 。
软件著作权保护至关重要的问题就是如何通过法律途径遏制最终用户盗版侵权 。目前，计算机软件最终用户盗版，特别是企业最终用户的盗版侵权行为，是中外软件著作权人维护合法权益面临的严峻挑战 。世界不少国家都依据WTO的相关协议通过国内立法对最终用户商业性使用盗版侵权行为追究相应的刑事法律责任，很大程度上震慑和遏制了企业最终用户盗版侵权行为 。在本次《著作权法》的修订和完善中，对商业最终用户侵权盗版致使软件著作权人遭受严重损失的行为的刑事追责问题应予以解决，将商业最终用户未经授权使用、安装计算机软件的行为规定为以非法复制的方式侵犯著作权的行为，以此实现《著作权法》有关侵犯著作权的刑事责任的规定与相关刑事法律的规定的衔接 。
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